Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGAGGTGGACCTCCTACATTTTGAAATAAACCAGGCGATTCCTGGTCGCTTATATGGAGAAAACATTGCTGACAGCTTGAATGGCACAGGGAGAGATAGgtatgatatattgatcatggccacgaactaattttttgggcgagcctgttcatttcctctagaacggttgaccgcggcgcttctctgatgtacgatgacc...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S99_189V6.2
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100404339|gb|BY973527.1|BY973527
EST:     TTATATGGAGAAAACATTGCTGACAGCTTGAATGGCACAGGGAGAGATAG                         CTTTGGCAAGTTGAATGATGGCTATGCTTGGGATCC
genomic: TTATATGGAGAAAACATTGCTGACAGCTTGAATGGCACAGGGAGAGATAGgtatgatata ... gttgttgcagCTTTGGCAAGTTGAATGATGGCTATGCTTGGAATCC
EST: gi|100387720|gb|BY951720.1|BY951720
EST:     TTATATGGAGAAAACATTGCTGACAGCTTGAATGGCACAGGGAGAGATAG                         CTTTGGCAAGTTGAATGATGGCTATGCTTGGAATCCTCATTGTCGATCATA
genomic: TTATATGGAGAAAACATTGCTGACAGCTTGAATGGCACAGGGAGAGATAGgtatgatata ... gttgttgcagCTTTGGCAAGTTGAATGATGGCTATGCTTGGAATCCTCATTGTCGATCATA
EST: gi|208347039|gb|DC909337.1|DC909337
EST:     TTATATGGAGAAAACATTGCTGACAGCTTGAATGGCACAGGGAGAGATAG                         CTTTGGCAAGTTGAATGATGGCTATGCTTGGAATCCTCATTGTCGATCATA
genomic: TTATATGGAGAAAACATTGCTGACAGCTTGAATGGCACAGGGAGAGATAGgtatgatata ... gttgttgcagCTTTGGCAAGTTGAATGATGGCTATGCTTGGAATCCTCATTGTCGATCATA
EST: gi|208382559|gb|DC923201.1|DC923201
EST:     ATGGCACA-GGAGAGATAG                         C-TTGGCNAGTTGAATGATGGCTATGCTTGGAATCCTCATTGTCGATCATA
genomic: ATGGCACAGGGAGAGATAGgtatgatata ... gttgttgcagCTTTGGCAAGTTGAATGATGGCTATGCTTGGAATCCTCATTGTCGATCATA
EST: gi|100362233|gb|BY947256.1|BY947256
EST:     TTATATGGAGAANACATTGCTGACAGCTTGAATGGCACAGGGAGAGATAG                         CTTTGGCAAGTTGAATGATGGCTATGCTTGGAATCCTCATTGTCGATCATA
genomic: TTATATGGAGAAAACATTGCTGACAGCTTGAATGGCACAGGGAGAGATAGgtatgatata ... gttgttgcagCTTTGGCAAGTTGAATGATGGCTATGCTTGGAATCCTCATTGTCGATCATA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATGAGGTGGACCTCCTACATTTTGAAATAAACCAGGCGATTCCTGGTCGCTTATATGGAGAAAACATTGCTGACAGCTTGAATGGCACAGGGAGAGATAGgtatgatatattgatcatggccacgaactaattttttgggcgagcctgttcatttcctctagaacggttgaccgcggcgcttctctgatgtacgatgacc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA