Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...caacgtcatttgggcgtcatagtttgttttgcaataagtccgtatagatgaattagggaagcaattattcttatattaattatctctttgtccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGACTGGACTATGTCTCAATGTGCTACTGCAGCCTATACATCTACACTTAAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S98_36V6.3
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208373612|gb|DC952437.1|DC952437
EST:     ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAG                         AGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
genomic: ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAGgtaagatctc ... tccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
EST: gi|208398476|gb|DC924746.1|DC924746
EST:     ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAG                         AGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
genomic: ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAGgtaagatctc ... tccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
EST: gi|208366308|gb|DC943840.1|DC943840
EST:     ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAG                         AGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
genomic: ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAGgtaagatctc ... tccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
EST: gi|208386562|gb|DC956882.1|DC956882
EST:     ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAG                         AGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
genomic: ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAGgtaagatctc ... tccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
EST: gi|208347378|gb|DC925346.1|DC925346
EST:     ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAG                         AGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
genomic: ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAGgtaagatctc ... tccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
EST: gi|208370716|gb|DC948253.1|DC948253
EST:     ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAG                         AGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
genomic: ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAGgtaagatctc ... tccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
EST: gi|67698630|gb|BJ958863.1|BJ958863
EST:     ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAG                         AGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
genomic: ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAGgtaagatctc ... tccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
EST: gi|208366007|gb|DC951180.1|DC951180
EST:     ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAG                         AGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
genomic: ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAGgtaagatctc ... tccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
EST: gi|208360960|gb|DC957481.1|DC957481
EST:     ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAG                         AGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
genomic: ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAGgtaagatctc ... tccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
EST: gi|208365541|gb|DC954782.1|DC954782
EST:     ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAG                         AGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
genomic: ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAGgtaagatctc ... tccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
EST: gi|208346548|gb|DC916814.1|DC916814
EST:     ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAG                         AGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
genomic: ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAGgtaagatctc ... tccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
EST: gi|208392853|gb|DC928539.1|DC928539
EST:     ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAG                         AGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
genomic: ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAGgtaagatctc ... tccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
EST: gi|162271188|gb|FC446137.1|FC446137
EST:     ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAG                         AGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
genomic: ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAGgtaagatctc ... tccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
EST: gi|100422425|gb|BY976367.1|BY976367
EST:     ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAG                         AGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
genomic: ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAGgtaagatctc ... tccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
EST: gi|208363377|gb|DC946975.1|DC946975
EST:     ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAG                         AGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
genomic: ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAGgtaagatctc ... tccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
EST: gi|208393705|gb|DC946055.1|DC946055
EST:     ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAG                         AGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
genomic: ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAGgtaagatctc ... tccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
EST: gi|208367982|gb|DC951007.1|DC951007
EST:     ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAG                         AGCTATGGATTTCNNGGTGGAGCTNTTCCGGAATTTGAATGATCANTCCGA
genomic: ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAGgtaagatctc ... tccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
EST: gi|208363326|gb|DC935493.1|DC935493
EST:     ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAG                         AGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
genomic: ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAGgtaagatctc ... tccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
EST: gi|208353455|gb|DC946319.1|DC946319
EST:     ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGNTGACCAG                         AGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTNTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
genomic: ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAGgtaagatctc ... tccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
EST: gi|208377562|gb|DC922665.1|DC922665
EST:     ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAG                         AGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
genomic: ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAGgtaagatctc ... tccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
EST: gi|208371846|gb|DC951838.1|DC951838
EST:     ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAG                         AGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
genomic: ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAGgtaagatctc ... tccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
EST: gi|208345900|gb|DC921085.1|DC921085
EST:     ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAG                         AGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA
genomic: ACTGCCAAGGGTTCATCAAGTTGCAGTAATGGAATGCTATGGTTGACCAGgtaagatctc ... tccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agatgaattagggaagcaattattcttatattaattatctctttgtccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGACTGGACTATGTCTCAATGTGCTACTGCAGCCTATACATCTACACTTAAG
                            tattaat  putative branch site (score: 2)
                                  ttatctctttgtcc  CT-rich tract
                 aattattcttatatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
caacgtcatttgggcgtcatagtttgttttgcaataagtccgtatagatgaattagggaagcaattattcttatattaattatctctttgtccatcacagAGCTATGGATTTCTTGGTGGAGCTTTTCCGGAATTTGAATGATCATTCCGACTGGACTATGTCTCAATGTGCTACTGCAGCCTATACATCTACACTTAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG