Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGGAAGAGCCACAAATTCAGCACCTGTTGCAGACTGCAGAAGCAATCCGCCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATGgtaacctattactgtggacaacttgaggggacttgaagaacttctccttgcaaatctttactaaatgttgttttgcgaagtatgtttgtagaacccgtgt...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S94_154V6.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208361602|gb|DC942845.1|DC942845
EST:     CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATG                         ATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATC
genomic: CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATGgtaacctatt ... gcaatggcagATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATC
EST: gi|208387406|gb|DC949191.1|DC949191
EST:     CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATG                         ATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG
genomic: CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATGgtaacctatt ... gcaatggcagATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG
EST: gi|208374909|gb|DC956182.1|DC956182
EST:     CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATG                         ATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG
genomic: CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATGgtaacctatt ... gcaatggcagATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG
EST: gi|208359835|gb|DC934864.1|DC934864
EST:     CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATG                         ATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTT
genomic: CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATGgtaacctatt ... gcaatggcagATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTT
EST: gi|208365450|gb|DC950917.1|DC950917
EST:     CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATG                         ATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG
genomic: CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATGgtaacctatt ... gcaatggcagATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG
EST: gi|208354165|gb|DC957399.1|DC957399
EST:     CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATG                         ATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG
genomic: CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATGgtaacctatt ... gcaatggcagATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG
EST: gi|208385585|gb|DC937130.1|DC937130
EST:     CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATG                         ATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG
genomic: CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATGgtaacctatt ... gcaatggcagATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG
EST: gi|208369206|gb|DC955835.1|DC955835
EST:     CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATG                         ATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG
genomic: CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATGgtaacctatt ... gcaatggcagATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG
EST: gi|208390700|gb|DC937856.1|DC937856
EST:     CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATG                         ATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG
genomic: CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATGgtaacctatt ... gcaatggcagATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG
EST: gi|208385576|gb|DC937121.1|DC937121
EST:     CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATG                         ATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG
genomic: CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATGgtaacctatt ... gcaatggcagATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG
EST: gi|208354175|gb|DC957409.1|DC957409
EST:     CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATG                         ATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG
genomic: CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATGgtaacctatt ... gcaatggcagATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG
EST: gi|208370394|gb|DC931806.1|DC931806
EST:     CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATG                         ATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG
genomic: CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATGgtaacctatt ... gcaatggcagATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG
EST: gi|208365296|gb|DC950767.1|DC950767
EST:     CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATG                         ATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG
genomic: CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATGgtaacctatt ... gcaatggcagATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG
EST: gi|208372504|gb|DC940779.1|DC940779
EST:     CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATG                         ATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGAA-AGGAGCCTCAATATG
genomic: CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATGgtaacctatt ... gcaatggcagATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG
EST: gi|208389871|gb|DC937702.1|DC937702
EST:     CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATG                         ATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCA-TATG
genomic: CCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATGgtaacctatt ... gcaatggcagATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 11 (upstream exon), 25 (downstream exon)
Score: 1

CTGGAAGAGCCACAAATTCAGCACCTGTTGCAGACTGCAGAAGCAATCCGCCTTGACTACCCCGATGATACCTGGTTCCATCTTGTGGGACTTATTCATGgtaacctatt ... gcaatggcagATTTGGGCAAAGTGTTGTTGCATCCTTTGTTCGGAGAGGAGCCTCAATATGCAGTTGTTG




<











<


<