1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...aggattggaattgagttgcatcttgttggcgtttcttctgtgagcacctgtgatttagctgatgtgctcaattatttcgttgttttgacaggaaatgcagAAAAAGCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTTTAATTTATGGTTCAGAATGATAGTAGTCTGACCAGCTAGAAAGGAGTTCAATTACAAG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S92_53V6.1 |
intron # | 13 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAGGAAATGCAGEST: gi|162257238|gb|FC433114.1|FC433114
genomic: ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAA---GC------TGCAGgtaatttact ... gg
EST: ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAG AAAAAGCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTTTAATTTATGEST: gi|37829259|gb|BJ587271.1|BJ587271
genomic: ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAGgtaatttact ... ggaaatgcagAAAAAGCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTTTAATTTATG
EST: ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAG GEST: gi|37829259|gb|BJ587271.1|BJ587271
genomic: ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAGgtaatttact ... ggaaatgcag-
EST: ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAG GEST: gi|19784441|gb|BQ040174.1|BQ040174
genomic: ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAGgtaatttact ... ggaaatgcag-
EST: ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAG GEST: gi|19784441|gb|BQ040174.1|BQ040174
genomic: ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAGgtaatttact ... ggaaatgcag-
EST: ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAG GEST: gi|162157909|gb|FC334895.1|FC334895
genomic: ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAGgtaatttact ... ggaaatgcag-
EST: ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAG GEST: gi|162157909|gb|FC334895.1|FC334895
genomic: ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAGgtaatttact ... ggaaatgcag-
EST: ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAG G
genomic: ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAGgtaatttact ... ggaaatgcag-
acctgtgatttagctgatgtgctcaattatttcgttgttttgacaggaaatgcagAAAAAGCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTTTAATTTATGGTTCAGAATGATAGTAGTCTGACCAGCTAGAAAGGAGTTCAATTACAAG
ttttgac putative branch site (score: 3)
tcaattattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aggattggaattgagttgcatcttgttggcgtttcttctgtgagcacctgtgatttagctgatgtgctcaattatttcgttgttttgacaggaaatgcagAAAAAGCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTTTAATTTATGGTTCAGAATGATAGTAGTCTGACCAGCTAGAAAGGAGTTCAATTACAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG