Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacactaagctttttacttgtttaatttaaatttatctttactgtgaattatgccaaaaaggtttatatctggatttttagattaatcttacggtttcttgaatgcagGATTTCACAAGAACAAGGGATGCCACAGGTGCTGTAGGCTACTTGGAAACATGATCATGCAATCA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S92_44V6.2
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162268964|gb|FC445456.1|FC445456
EST:     GCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCATCCGAGCATAA                         GATTTCACAAGAACAAGGGATGCCACAGGTGCTGTAGGCTACTTGGAAACA
genomic: GCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCATCCGAGCATAAgtacactaag ... ttgaatgcagGATTTCACAAGAACAAGGGATGCCACAGGTGCTGTAGGCTACTTGGAAACA
EST: gi|162271606|gb|FC447491.1|FC447491
EST:     GCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCATCCGAGCATAA                         GATTTCACAAGAACAAGGGATGCCACAGGTGCTGTAGGCTACTTGGAAACA
genomic: GCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCATCCGAGCATAAgtacactaag ... ttgaatgcagGATTTCACAAGAACAAGGGATGCCACAGGTGCTGTAGGCTACTTGGAAACA
EST: gi|162271607|gb|FC447492.1|FC447492
EST:     GCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCATCCGAGCATAA                         GATTTCACAAGAACAAGGGATGCCACAGGTGCTGTAGGCTACTTGGAAACA
genomic: GCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCATCCGAGCATAAgtacactaag ... ttgaatgcagGATTTCACAAGAACAAGGGATGCCACAGGTGCTGTAGGCTACTTGGAAACA
EST: gi|162273207|gb|FC449214.1|FC449214
EST:     GCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCATCCGAGCATAA                         GATTTCACAAGAACAAGGGATGCCACAGGTGCTGTAGGCTACTTGGAAACA
genomic: GCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCATCCGAGCATAAgtacactaag ... ttgaatgcagGATTTCACAAGAACAAGGGATGCCACAGGTGCTGTAGGCTACTTGGAAACA
EST: gi|162269990|gb|FC445455.1|FC445455
EST:     GCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCATCCGAGCATAA                         GATTTCACAAGAACAAGGGATGCCACAGGTGCTGTAGGCTACTTGGAAACA
genomic: GCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCATCCGAGCATAAgtacactaag ... ttgaatgcagGATTTCACAAGAACAAGGGATGCCACAGGTGCTGTAGGCTACTTGGAAACA
EST: gi|162277386|gb|FC453192.1|FC453192
EST:     GCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCATCCGAGCATAA                         GATTTCACAAGAACAAGGGATGCCACAGGTGCTGTAGGCTACTTGGAAACA
genomic: GCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCATCCGAGCATAAgtacactaag ... ttgaatgcagGATTTCACAAGAACAAGGGATGCCACAGGTGCTGTAGGCTACTTGGAAACA
EST: gi|67701058|gb|BJ961291.1|BJ961291
EST:     GCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCATCCGAGCATAA                         GATTTCACAAGAACAAGGGATGCCACAGGTGCTGTAGGCTACTTGGAAACA
genomic: GCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCATCCGAGCATAAgtacactaag ... ttgaatgcagGATTTCACAAGAACAAGGGATGCCACAGGTGCTGTAGGCTACTTGGAAACA
EST: gi|162261908|gb|FC437312.1|FC437312
EST:     GCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCATCCGAGCATAA                         GATTTCACAAGAACAAGGGATGCCACAGGTGCTGTAGGCTACTTGGAAACA
genomic: GCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCATCCGAGCATAAgtacactaag ... ttgaatgcagGATTTCACAAGAACAAGGGATGCCACAGGTGCTGTAGGCTACTTGGAAACA
EST: gi|162264663|gb|FC441661.1|FC441661
EST:     GCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCATCCGAGCATAA                         GATTTCACAAGAACAAGGGATGCCACAGGTGCTGTAGGCTACTTGGAAACA
genomic: GCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCATCCGAGCATAAgtacactaag ... ttgaatgcagGATTTCACAAGAACAAGGGATGCCACAGGTGCTGTAGGCTACTTGGAAACA
EST: gi|162267210|gb|FC442622.1|FC442622
EST:     GCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCATCCGAGCATAA                         GATTTCACAAGAACAAGGGATGCCACAGGTGCTGTAGGCTACTTGGAAACA
genomic: GCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCATCCGAGCATAAgtacactaag ... ttgaatgcagGATTTCACAAGAACAAGGGATGCCACAGGTGCTGTAGGCTACTTGGAAACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccaaaaaggtttatatctggatttttagattaatcttacggtttcttgaatgcagGATTTCACAAGAACAAGGGATGCCACAGGTGCTGTAGGCTACTTGGAAACATGATCATGCAATCA
                                atcttac  putative branch site (score: 3)
                                         tttctt  putative PPT
                    atttttagattaatct  TA-rich tract