1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...tgtcttttgcagcagtcgccttgttttcaattgttcacttgaggaaaattgagagttgttttctttgacgattgaccgattcggtgtgttgaaattgcagATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCATCCGAGCATAA
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S92_44V6.2 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAA ATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCAEST: gi|162271606|gb|FC447491.1|FC447491
genomic: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAAgtgagcagtt ... gaaattgcagATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCA
EST: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAA ATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCAEST: gi|162271607|gb|FC447492.1|FC447492
genomic: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAAgtgagcagtt ... gaaattgcagATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCA
EST: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAA ATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCAEST: gi|162273207|gb|FC449214.1|FC449214
genomic: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAAgtgagcagtt ... gaaattgcagATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCA
EST: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAA ATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCAEST: gi|162269990|gb|FC445455.1|FC445455
genomic: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAAgtgagcagtt ... gaaattgcagATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCA
EST: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAA ATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCAEST: gi|162277386|gb|FC453192.1|FC453192
genomic: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAAgtgagcagtt ... gaaattgcagATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCA
EST: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAA ATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCAEST: gi|162201174|gb|FC377681.1|FC377681
genomic: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAAgtgagcagtt ... gaaattgcagATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCA
EST: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAA ATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCAEST: gi|67578191|gb|BJ950358.1|BJ950358
genomic: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAAgtgagcagtt ... gaaattgcagATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCA
EST: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAA ATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAEST: gi|67701058|gb|BJ961291.1|BJ961291
genomic: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAAgtgagcagtt ... gaaattgcagATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCA
EST: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAA ATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCAEST: gi|162261908|gb|FC437312.1|FC437312
genomic: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAAgtgagcagtt ... gaaattgcagATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCA
EST: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAA ATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCAEST: gi|162264663|gb|FC441661.1|FC441661
genomic: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAAgtgagcagtt ... gaaattgcagATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCA
EST: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAA ATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCAEST: gi|162267210|gb|FC442622.1|FC442622
genomic: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAAgtgagcagtt ... gaaattgcagATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCA
EST: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAA ATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCA
genomic: CCGATGCGACGCATGTGCATTATATTGGATTACGTGGAGAAGCTACACAAgtgagcagtt ... gaaattgcagATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCA
aaattgagagttgttttctttgacgattgaccgattcggtgtgttgaaattgcagATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCATCCGAGCATAA
gattgac putative branch site (score: 3)
ttttcttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgtcttttgcagcagtcgccttgttttcaattgttcacttgaggaaaattgagagttgttttctttgacgattgaccgattcggtgtgttgaaattgcagATGAAAAGAGATGCTATAGCAAACACGGTTTATGAAGCTATGCCAAATCCATCCGAGCATAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - -tgcagca