1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...acatgttcaaagttagcccagttgttatatcgtccagtcaagttttcgcatattaatgtaataatttgatcaaactggtggacttatggcttaactgcagGCCTGGTGCCAGCCCGTCAGATCCACTTGGTTATGTTGTTCGGGATCACCTCGCGACATGATGGTGGAGTGTCGAGTTGATTCATTCATCCTGCATGGAA
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S91_57V6.2 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGACATCACCATGGGGTTATTGTTAAAAG GCCTGGTGCCAGCCCGTCAGATCCACTTGGTTATGTTGTTCGGGATCACCTEST: gi|162163277|gb|FC339395.1|FC339395
genomic: AGACATCACCATGGGGTTATTGTTAAAAGgtcagtgtgt ... ttaactgcagGCCTGGTGCCAGCCCGTCAGATCCACTTGGTTATGTTGTTCGGGATCACCT
EST: TGGGGTGTATTGTTAAAAG CCCTGGTGCCAGCCCGTCAGATCCACGTGGGTATGTTGTTCGGGATCACCTEST: gi|15729355|gb|BI741274.1|BI741274
genomic: TGGGGT-TATTGTTAAAAGgtcagtgtgt ... ttaactgcagGCCTGGTGCCAGCCCGTCAGATCCACTTGGTTATGTTGTTCGGGATCACCT
EST: AGACATCACCATGGGGTTATTGTTAAAAG GCCTGGTGCCAGCCCGTCAGATCCACTTGGTTATGTTGTTCGGGATCACCT
genomic: AGACATCACCATGGGGTTATTGTTAAAAGgtcagtgtgt ... ttaactgcagGCCTGGTGCCAGCCCGTCAGATCCACTTGGTTATGTTGTTCGGGATCACCT
tcgcatattaatgtaataatttgatcaaactggtggacttatggcttaactgcagGCCTGGTGCCAGCCCGTCAGATCCACTTGGTTATGTTGTTCGGGATCACCTCGCGACATGATGGTGGAGTGTCGAGTTGATTCATTCATCCTGCATGGAA
tattaatgtaataatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| acatgttcaaagttagcccagttgttatatcgtccagtcaagttttcgcatattaatgtaataatttgatcaaactggtggacttatggcttaactgcagGCCTGGTGCCAGCCCGTCAGATCCACTTGGTTATGTTGTTCGGGATCACCTCGCGACATGATGGTGGAGTGTCGAGTTGATTCATTCATCCTGCATGGAA
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