1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtaatgtggtgttcccttagcttgttttgacactaagggtatgttgttctttgtgtgcaattatctgatttgatcatttcttacttggtgtccagCTTCGAACGGGGTGGTGATTGCCACAGAGAAGAAGCTCCCTTCAATTCTTGTCGATGAATCTTCG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S61_202V6.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATATGCCTTGATGGCTGTAGGTGCAGGTCAAACTTCTCTCGGGATCAAAG CTTCGAACGGGGTGGTGATTGCCACAGAGAAGAAGCTCCCTTCAATTCTTGEST: gi|18347210|gb|BJ179256.1|BJ179256
genomic: ATATGCCTTGATGGCTGTAGGTGCAGGTCAAACTTCTCTCGGGATCAAAGgtaatgtggt ... tggtgtccagCTTCGAACGGGGTGGTGATTGCCACAGAGAAGAAGCTCCCTTCAATTCTTG
EST: ATATGCCTTGATGGCTGTAGGTGCAGGTCAAACTTCTCTCGGGATCAAAG CTTCGAACGGGGTGGTGATTGCCACAGAGAAGAAGCTCCCTTCAATTCTTGEST: gi|162275765|gb|FC451936.1|FC451936
genomic: ATATGCCTTGATGGCTGTAGGTGCAGGTCAAACTTCTCTCGGGATCAAAGgtaatgtggt ... tggtgtccagCTTCGAACGGGGTGGTGATTGCCACAGAGAAGAAGCTCCCTTCAATTCTTG
EST: ATATGCCTTGATGGCTGTAGGTGCAGGTCAAACTTCTCTCGGGATCAAAG CTTCGAACGGGGTGGTGATTGCCACAGAGAAGAAGCTCCCTTCAATTCTTGEST: gi|162162081|gb|FC338872.1|FC338872
genomic: ATATGCCTTGATGGCTGTAGGTGCAGGTCAAACTTCTCTCGGGATCAAAGgtaatgtggt ... tggtgtccagCTTCGAACGGGGTGGTGATTGCCACAGAGAAGAAGCTCCCTTCAATTCTTG
EST: ATATGCCTTGATGGCTGTAGGTGCAGGTCAAACTTCTCTCGGGATCAAAG CTTCGAACGGGGTGGTGATTGCCACAGAGAAGAAGCTCCCTTCAATTCTTGEST: gi|162272507|gb|FC448509.1|FC448509
genomic: ATATGCCTTGATGGCTGTAGGTGCAGGTCAAACTTCTCTCGGGATCAAAGgtaatgtggt ... tggtgtccagCTTCGAACGGGGTGGTGATTGCCACAGAGAAGAAGCTCCCTTCAATTCTTG
EST: ATATGCCTTGATGGCTGTAGGTGCAGGTCAAACTTCTCTCGGGATCAAAG CTTCGAACGGGGTGGTGATTGCCACAGAGAAGAAGCTCCCTTCAATTCTTG
genomic: ATATGCCTTGATGGCTGTAGGTGCAGGTCAAACTTCTCTCGGGATCAAAGgtaatgtggt ... tggtgtccagCTTCGAACGGGGTGGTGATTGCCACAGAGAAGAAGCTCCCTTCAATTCTTG
atgttgttctttgtgtgcaattatctgatttgatcatttcttacttggtgtccagCTTCGAACGGGGTGGTGATTGCCACAGAGAAGAAGCTCCCTTCAATTCTTGTCGATGAATCTTCG
ttcttac putative branch site (score: 5)
tttcttactt CT-rich tract
aattatct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaatgtggtgttcccttagcttgttttgacactaagggtatgttgttctttgtgtgcaattatctgatttgatcatttcttacttggtgtccagCTTCGAACGGGGTGGTGATTGCCACAGAGAAGAAGCTCCCTTCAATTCTTGTCGATGAATCTTCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC