1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
TCCAAAGAGACTTGGGCAAGTGCTGTTCGTAGATGCGCCGTTTATATTCCAACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTGgtacgtttcttccctactctcaagccccaattttgaacaccaagtgtcgcaaacgcaaattgcactgtgagactgagcaatgaactgaaaacttttgctgttgcttgtggaccttgcag
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S4_80V6.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTG GTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGATEST: gi|208379403|gb|DC919019.1|DC919019
genomic: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTGgtacgtttct ... gaccttgcagGTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
EST: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTG GTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGATEST: gi|162238292|gb|FC414534.1|FC414534
genomic: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTGgtacgtttct ... gaccttgcagGTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
EST: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTG GTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGATEST: gi|208399395|gb|DC924825.1|DC924825
genomic: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTGgtacgtttct ... gaccttgcagGTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
EST: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTG GTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGATEST: gi|7047315|gb|AW477209.1|AW477209
genomic: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTGgtacgtttct ... gaccttgcagGTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
EST: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTG GTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGATEST: gi|162279529|gb|FC455320.1|FC455320
genomic: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTGgtacgtttct ... gaccttgcagGTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
EST: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTG GTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGATEST: gi|37838301|gb|BJ596309.1|BJ596309
genomic: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTGgtacgtttct ... gaccttgcagGTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
EST: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTG GTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGATEST: gi|162254025|gb|FC429341.1|FC429341
genomic: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTGgtacgtttct ... gaccttgcagGTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
EST: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTG GTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGATEST: gi|7207502|gb|AW561502.1|AW561502
genomic: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTGgtacgtttct ... gaccttgcagGTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
EST: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTG GTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGATEST: gi|37841164|gb|BJ599172.1|BJ599172
genomic: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTGgtacgtttct ... gaccttgcagGTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
EST: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTG GTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
genomic: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTGgtacgtttct ... gaccttgcagGTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TCCAAAGAGACTTGGGCAAGTGCTGTTCGTAGATGCGCCGTTTATATTCCAACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTGgtacgtttcttccctactctcaagccccaattttgaacaccaagtgtcgcaaacgcaaattgcactgtgagactgagcaatgaactgaaaacttttgctgttgcttgtggaccttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC