Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgtttcttccctactctcaagccccaattttgaacaccaagtgtcgcaaacgcaaattgcactgtgagactgagcaatgaactgaaaacttttgctgttgcttgtggaccttgcagGTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGATACGATTCCTGAGAGTTTTAAGCAATAACAGAATTAATATTGCAGGATTA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S4_80V6.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208345072|gb|DC925426.1|DC925426
EST:     AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTG                         GTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
genomic: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTGgtacgtttct ... gaccttgcagGTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
EST: gi|208379403|gb|DC919019.1|DC919019
EST:     AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTG                         GTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
genomic: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTGgtacgtttct ... gaccttgcagGTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
EST: gi|162238292|gb|FC414534.1|FC414534
EST:     AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTG                         GTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
genomic: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTGgtacgtttct ... gaccttgcagGTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
EST: gi|208399395|gb|DC924825.1|DC924825
EST:     AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTG                         GTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
genomic: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTGgtacgtttct ... gaccttgcagGTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
EST: gi|7047315|gb|AW477209.1|AW477209
EST:     AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTG                         GTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
genomic: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTGgtacgtttct ... gaccttgcagGTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
EST: gi|162279529|gb|FC455320.1|FC455320
EST:     AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTG                         GTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
genomic: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTGgtacgtttct ... gaccttgcagGTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
EST: gi|37838301|gb|BJ596309.1|BJ596309
EST:     AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTG                         GTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
genomic: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTGgtacgtttct ... gaccttgcagGTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
EST: gi|162254025|gb|FC429341.1|FC429341
EST:     AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTG                         GTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
genomic: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTGgtacgtttct ... gaccttgcagGTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
EST: gi|7207502|gb|AW561502.1|AW561502
EST:     AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTG                         GTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
genomic: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTGgtacgtttct ... gaccttgcagGTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
EST: gi|37841164|gb|BJ599172.1|BJ599172
EST:     AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTG                         GTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT
genomic: AACCAGGGTGGGCTATGATTAAGCCATTGGTGGGCAAGTATGCTGCCTTGgtacgtttct ... gaccttgcagGTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgtgagactgagcaatgaactgaaaacttttgctgttgcttgtggaccttgcagGTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGATACGATTCCTGAGAGTTTTAAGCAATAACAGAATTAATATTGCAGGATTA
                       aaaactttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtacgtttcttccctactctcaagccccaattttgaacaccaagtgtcgcaaacgcaaattgcactgtgagactgagcaatgaactgaaaacttttgctgttgcttgtggaccttgcagGTTCGGTTTTGCTCCGCAGATGAAGTGCGAAACGATTACTTTACTCTTGATACGATTCCTGAGAGTTTTAAGCAATAACAGAATTAATATTGCAGGATTA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA