1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtatgtaacctctggactaagcctccaaactaggtttgcagccatgttacttgtacaactgcagggggctaatgctttgcatgttcttgtgcagGACACGTTGCTAAGAATATGCTGTGCCATGCTCATCCTTGTCCGGAGGCGCCTCCTAGCTGGAGACTTCACTGCCAACATCCAGCTGCTGCAGCACTATC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g28990.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGTGTATTCACATTTGGGATGCTATCTTGGGTGATCCAGAAAGTCCTCCG GACACGTTGCTAAGAATATGCTGTGCCEST: gi|88473890|gb|CI411161.1|CI411161
genomic: TGTGTATTCACATTTGGGATGCTATCTTGGGTGATCCAGAAGGTCCTCCGgtatgtaacc ... tcttgtgcagGACACGTTGCTAAGAATATGCTGTGCC
EST: GGGTGATCCAGAAGGTCCTCCG GACACGTTGCTAAGAATATGCTGTGCCATGCTCATCCTTGTCCGGAGGCGCEST: gi|25806046|gb|CA762007.1|CA762007
genomic: GGGTGATCCAGAAGGTCCTCCGgtatgtaacc ... tcttgtgcagGACACGTTGCTAAGAATATGCTGTGCCATGCTCATCCTTGTCCGGAGGCGC
EST: TGTGTATTCACATTTGGGATGCTATCTTGGGTGATCCAGAAGGTCCTCCG GACACGTTGCTAAGAATATGCTGTGCCATGCTCATCCTTGTCCGGAGGCGCEST: gi|88553105|gb|CI483180.1|CI483180
genomic: TGTGTATTCACATTTGGGATGCTATCTTGGGTGATCCAGAAGGTCCTCCGgtatgtaacc ... tcttgtgcagGACACGTTGCTAAGAATATGCTGTGCCATGCTCATCCTTGTCCGGAGGCGC
EST: AGAAGGTCCTCCG GACACGTTGCTAAGAATATGCTGTGCCATGCTCATCCTTGTCCGGAGGCGCEST: gi|88560228|gb|CI490870.1|CI490870
genomic: AGAAGGTCCTCCGgtatgtaacc ... tcttgtgcagGACACGTTGCTAAGAATATGCTGTGCCATGCTCATCCTTGTCCGGAGGCGC
EST: TGATCCAGAAGGTCCTCCG GACACGTTGCTAAGAATATGCTGTGCCATGCTCATCCTTGTCCGGAGGCGCEST: gi|88528712|gb|CI456969.1|CI456969
genomic: TGATCCAGAAGGTCCTCCGgtatgtaacc ... tcttgtgcagGACACGTTGCTAAGAATATGCTGTGCCATGCTCATCCTTGTCCGGAGGCGC
EST: GAAGGTCCTCCG GACACGTTGCTAAGAATATGCTGTGCCATGCTCATCCTTGTCCGGAGGCGC
genomic: GAAGGTCCTCCGgtatgtaacc ... tcttgtgcagGACACGTTGCTAAGAATATGCTGTGCCATGCTCATCCTTGTCCGGAGGCGC
agccatgttacttgtacaactgcagggggctaatgctttgcatgttcttgtgcagGACACGTTGCTAAGAATATGCTGTGCCATGCTCATCCTTGTCCGGAGGCGCCTCCTAGCTGGAGACTTCACTGCCAACATCCAGCTGCTGCAGCACTATC
ggctaat putative branch site (score: 21)
tgttctt putative PPT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtaacctctggactaagcctccaaactaggtttgcagccatgttacttgtacaactgcagggggctaatgctttgcatgttcttgtgcagGACACGTTGCTAAGAATATGCTGTGCCATGCTCATCCTTGTCCGGAGGCGCCTCCTAGCTGGAGACTTCACTGCCAACATCCAGCTGCTGCAGCACTATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG