1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...aatattgatagcctgctatattgtttttgtgggtaaatttagtcactctggtatgtcacccaccattgttgatagtcatgcatggatattgaaaatacagGTATATCCACAATACTATGCATTTAGATGGATCACACTACTGTTGACAATGGAGTTCAGCTTCAATGTGTGTATTCACATTTGGGATGCTATCTTGGGTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g28990.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGAAGAGACATGATGAAGAGCTATGGCGACATATGGAGATCACTACAAAG GTATATCCACAATACTATGCATTTAGATGGATCACACTACTGTTGACAATGEST: gi|25806046|gb|CA762007.1|CA762007
genomic: TGAAGAGACATGATGAAGAGCTATGGCGACATATGGAGATCACTACAAAGgtagggaata ... gaaaatacagGTATATCCACAATACTATGCATTTAGATGGATCACACTACTGTTGACAATG
EST: TGAAGAGACATGATGAAGAGCTATGGCGACATACGGAGATCACTACAAAG GTATATCCACAATACTATGCATTTAGATGGATCACACTACTGTTGACAATG
genomic: TGAAGAGACATGATGAAGAGCTATGGCGACATATGGAGATCACTACAAAGgtagggaata ... gaaaatacagGTATATCCACAATACTATGCATTTAGATGGATCACACTACTGTTGACAATG
ctctggtatgtcacccaccattgttgatagtcatgcatggatattgaaaatacagGTATATCCACAATACTATGCATTTAGATGGATCACACTACTGTTGACAATGGAGTTCAGCTTCAATGTGTGTATTCACATTTGGGATGCTATCTTGGGTG
tgttgat putative branch site (score: 17)
atattgaaaataca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aatattgatagcctgctatattgtttttgtgggtaaatttagtcactctggtatgtcacccaccattgttgatagtcatgcatggatattgaaaatacagGTATATCCACAATACTATGCATTTAGATGGATCACACTACTGTTGACAATGGAGTTCAGCTTCAATGTGTGTATTCACATTTGGGATGCTATCTTGGGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - -cctgcta
- - - - - - - - - - - gtttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcatgg