Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gcaagtcataattcttggcttcagcttgcatgcattaaataatgatatttttgttatctcaaacggaattatatttacgtgtttatggaacagGAGCTGGCAGTACTCCTTTGCATTATGCAGCTGGTGGAGGAAATGCTGAGTGTTGCCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g37730.3
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29673129|gb|CB669404.1|CB669404
EST:     TAATGTGTCAGCTGTCACATTCCCGTATGGCACTACAGCAAATTTGATAG                         GAGCTGGCAGTACTCCTTTGCATTATGCAGCTGGTGGAGGAAATGCTGAGT
genomic: TAATGTGTCAGCTGTCACATTCCCGTATGGCACTACAGCAAATTTGATAGgcaagtcata ... tatggaacagGAGCTGGCAGTACTCCTTTGCATTATGCAGCTGGTGGAGGAAATGCTGAGT
EST: gi|86877155|gb|CI311450.1|CI311450
EST:     TAATGTGTCAGCTGTCACATTCCCGTATGGCACTACAGCAAATTTGATAG                         GAGCTGGCAGTACTCCTTTGCATTATGCAGCTGGTGGAGGAAATGCTGAGT
genomic: TAATGTGTCAGCTGTCACATTCCCGTATGGCACTACAGCAAATTTGATAGgcaagtcata ... tatggaacagGAGCTGGCAGTACTCCTTTGCATTATGCAGCTGGTGGAGGAAATGCTGAGT
EST: gi|29673087|gb|CB669362.1|CB669362
EST:     TAATGTGTCAGCTGTCACATTCCCGTATGGCACTACAGCAAATTTGATAG                         GAGCTGGCAGTACTCCTTTGCATTATGCAGCTGGTGGAGGAAATGCTGAGT
genomic: TAATGTGTCAGCTGTCACATTCCCGTATGGCACTACAGCAAATTTGATAGgcaagtcata ... tatggaacagGAGCTGGCAGTACTCCTTTGCATTATGCAGCTGGTGGAGGAAATGCTGAGT
EST: gi|29644924|gb|CB649931.1|CB649931
EST:     TAATGTGTCAGCTGTCACATTCCCGTATGGCACTACAGCAAATTTGATAG                         GAGCTGGCAGTACTCCTTTGCATTATGC
genomic: TAATGTGTCAGCTGTCACATTCCCGTATGGCACTACAGCAAATTTGATAGgcaagtcata ... tatggaacagGAGCTGGCAGTACTCCTTTGCATTATGC
EST: gi|29615014|gb|CB620027.1|CB620027
EST:     TAATGTGTCAGCTGTCACATTCCCGTATGGCACTACAGCAAATTTGATAG                         GAGCTGGCAGTACTCCTTTGCATTATGCAGCTGGTGGAGGAAATGCTGAGT
genomic: TAATGTGTCAGCTGTCACATTCCCGTATGGCACTACAGCAAATTTGATAGgcaagtcata ... tatggaacagGAGCTGGCAGTACTCCTTTGCATTATGCAGCTGGTGGAGGAAATGCTGAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ataatgatatttttgttatctcaaacggaattatatttacgtgtttatggaacagGAGCTGGCAGTACTCCTTTGCATTATGCAGCTGGTGGAGGAAATGCTGAGTGTTGCCAG
      atatttttgttatct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gcaagtcataattcttggcttcagcttgcatgcattaaataatgatatttttgttatctcaaacggaattatatttacgtgtttatggaacagGAGCTGGCAGTACTCCTTTGCATTATGCAGCTGGTGGAGGAAATGCTGAGTGTTGCCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG