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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTCGGGCTATTTATACACTCCACTCCCTCCTCCCTCCCCTTCCTAGTTCGGCCCACCCCCCCCCCCTCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctcgtttgctttggattcagtgcttccctttacgatttcgcttgcgtgcgtgggtgcgtgcgtctggttctgtttctagcttgaatccagtgt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g45820.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88407453|gb|CI586294.1|CI586294
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88590228|gb|CI709063.1|CI709063
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCANTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGAAGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88298775|gb|CI565972.1|CI565972
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGTTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88585160|gb|CI702770.1|CI702770
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88425698|gb|CI689349.1|CI689349
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|38474786|gb|CF958919.1|CF958919
EST:     CTCTCCCCTCCACGCCCCGGGCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: CTCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT