1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
AGGAACTGAGCAAGAAGAATCCTCAACTTCTGAGGTTGATTCAGGAGAACCATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactgttcatctgcttgattcaattctggtttcatttgatttgttatagggttataggattcgttaatgcgaaatgaaaaaaaaatcaattataa...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g08300.1 |
intron # | 10 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGG GGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGTEST: gi|40486995|gb|BX898244.1|BX898244
genomic: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactg ... gatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
EST: CATGATGAATTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGAT-G GGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGTEST: gi|88976735|gb|CI257507.1|CI257507
genomic: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactg ... gatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
EST: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGG GGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGTEST: gi|89168138|gb|CI109342.1|CI109342
genomic: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactg ... gatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
EST: GAGCCCTTTGATGGTGCTGATGG GGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGTEST: gi|66923978|gb|CX110826.1|CX110826
genomic: GAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactg ... gatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
EST: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGG GGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGTEST: gi|88980844|gb|CI022534.1|CI022534
genomic: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactg ... gatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
EST: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGG GGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGTEST: gi|58676620|gb|CK065307.1|CK065307
genomic: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactg ... gatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
EST: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGG GGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGTEST: gi|88966384|gb|CI119519.1|CI119519
genomic: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactg ... gatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
EST: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGG GGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGTEST: gi|88991630|gb|CI019808.1|CI019808
genomic: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactg ... gatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
EST: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGG GGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGTEST: gi|27547445|gb|CA765529.2|CA765529
genomic: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactg ... gatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
EST: CNTGANGNGNTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGG GGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGTEST: gi|86490031|gb|CI132664.1|CI132664
genomic: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactg ... gatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
EST: AAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGG GGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
genomic: AAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactg ... gatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGGAACTGAGCAAGAAGAATCCTCAACTTCTGAGGTTGATTCAGGAGAACCATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactgttcatctgcttgattcaattctggtttcatttgatttgttatagggttataggattcgttaatgcgaaatgaaaaaaaaatcaattataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT