1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GAACTAGAAAATTTACGGAAGCTTCATCCTGATGTGGCCATCATCTATGCCGATTACTATGGAGCTGCTATGGAAATCTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgattttcgttaattcattactgtatctactctgatttcttttgtaaagcttaacatattaattttagtttttagtttacaagaaaaatactctatatg...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g46169.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CGATTACTATGGAGCTGCTATGGAAATCTTCCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATTGAGAATCCTTTGGTAGCTTGCTGTGGTGGAGGAGGACCTTATGGTGEST: gi|86834783|gb|CI345867.1|CI345867
genomic: CGATTACTATGGAGCTGCTATGGAAATCTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgattttcg ... tgtgtttcagGAATTGAGAATCCTTTGGTAGCTTGCTGTGGTGGAGGAGGACCTTATGGTG
EST: CGATTACTATGGAGCTGCTATGGAAATCTTCCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATTGAGAATCCTTTGGTAGCTTGCTGTGGTGGAGGAGGACCTTATGGTGEST: gi|33800946|gb|CF326346.1|CF326346
genomic: CGATTACTATGGAGCTGCTATGGAAATCTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgattttcg ... tgtgtttcagGAATTGAGAATCCTTTGGTAGCTTGCTGTGGTGGAGGAGGACCTTATGGTG
EST: TCCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATTGAGAATCCTTTGGTAGCTTGCTGTGGTGGAGGAGGACCTTATGGTGEST: gi|29689736|gb|CB686011.1|CB686011
genomic: TCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgattttcg ... tgtgtttcagGAATTGAGAATCCTTTGGTAGCTTGCTGTGGTGGAGGAGGACCTTATGGTG
EST: CGATTACTATGGAGCTGCTATGGAAATCTTCCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATTGAGAATCCTTTGGTAGCTTGCTGTGGTGGAGGAGGACCTTATGGTGEST: gi|29659851|gb|CB656126.1|CB656126
genomic: CGATTACTATGGAGCTGCTATGGAAATCTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgattttcg ... tgtgtttcagGAATTGAGAATCCTTTGGTAGCTTGCTGTGGTGGAGGAGGACCTTATGGTG
EST: CGATTACTATGGAGCTGCTATGGAAATCTTCCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATTGAGAATCCTTTGGTAGCTTGCTGTGGTGGAGGAGGACCTTATGGTGEST: gi|27546012|gb|CA764123.2|CA764123
genomic: CGATTACTATGGAGCTGCTATGGAAATCTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgattttcg ... tgtgtttcagGAATTGAGAATCCTTTGGTAGCTTGCTGTGGTGGAGGAGGACCTTATGGTG
EST: CGATTACTATGGAGCTGCTATGGAAATCTTCCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATTGAGAATCCTTTGGTAGCTTGCTGTGGTGGAGGAGGACCTTATGGTGEST: gi|86420271|gb|CI056260.1|CI056260
genomic: CGATTACTATGGAGCTGCTATGGAAATCTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgattttcg ... tgtgtttcagGAATTGAGAATCCTTTGGTAGCTTGCTGTGGTGGAGGAGGACCTTATGGTG
EST: CGATTACTATGGAGCTGCTATGGAAATCTTCCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATTGAGAATCCTTTGGTAGCTTGCTGTGGTGGAGGAGGACCTTATGGTGEST: gi|87011451|gb|CI279360.1|CI279360
genomic: CGATTACTATGGAGCTGCTATGGAAATCTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgattttcg ... tgtgtttcagGAATTGAGAATCCTTTGGTAGCTTGCTGTGGTGGAGGAGGACCTTATGGTG
EST: GATTACTATGGAGCTGCTATGGAAATCTTCCGTTTCCCCTGAACAATTTG GAATTGAGAATCCTTTGGTAGCTTGCTGTGGTGGAGGAGGACCTTATGGTG
genomic: GATTACTATGGAGCTGCTATGGAAATCTTCC-TTTCCCCTGAACAATTTGgtgattttcg ... tgtgtttcagGAATTGAGAATCCTTTGGTAGCTTGCTGTGGTGGAGGAGGACCTTATGGTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAACTAGAAAATTTACGGAAGCTTCATCCTGATGTGGCCATCATCTATGCCGATTACTATGGAGCTGCTATGGAAATCTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgattttcgttaattcattactgtatctactctgatttcttttgtaaagcttaacatattaattttagtttttagtttacaagaaaaatactctatatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaata