1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtgagataaatcttagtcgacaacgccccaaatcactcaaactcgtactgttccttttgaggctatggcaatgtaataactctacatgcaattttttcttcggtgaagAGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTTCAGCTCTACTAATAAAACAATCCAGCTCTTGGAGACCAGTAGTAGCTTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g37832.3 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAG AGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTTEST: gi|88852617|gb|CI008810.1|CI008810
genomic: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAGgtgagataaa ... ttcggtgaagAGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTT
EST: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAG AGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTTEST: gi|58678373|gb|CK067060.1|CK067060
genomic: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAGgtgagataaa ... ttcggtgaagAGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTT
EST: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAG AGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTTEST: gi|218502566|gb|FG947236.1|FG947236
genomic: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAGgtgagataaa ... ttcggtgaagAGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTT
EST: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAG AGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTTEST: gi|88269573|gb|CI380871.1|CI380871
genomic: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAGgtgagataaa ... ttcggtgaagAGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTT
EST: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAG AGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTTEST: gi|88366636|gb|CI556420.1|CI556420
genomic: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAGgtgagataaa ... ttcggtgaagAGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTT
EST: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAG AGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTTEST: gi|40724664|gb|CK431262.1|CK431262
genomic: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAGgtgagataaa ... ttcggtgaagAGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTT
EST: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAG AGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTTEST: gi|88445780|gb|CI546917.1|CI546917
genomic: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAGgtgagataaa ... ttcggtgaagAGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTT
EST: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAG AGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTTEST: gi|58594516|gb|CF992824.1|CF992824
genomic: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAGgtgagataaa ... ttcggtgaagAGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTT
EST: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAG AGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTTEST: gi|87030834|gb|CI362048.1|CI362048
genomic: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAGgtgagataaa ... ttcggtgaagAGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTT
EST: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAG AGCATGGAAAACAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTTEST: gi|15847049|gb|BI795325.1|BI795325
genomic: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAGgtgagataaa ... ttcggtgaagAGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTT
EST: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAG AGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTTEST: gi|88831856|gb|CI369538.1|CI369538
genomic: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAGgtgagataaa ... ttcggtgaagAGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTT
EST: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAG AGCATGGAAAGCAGATCGCTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTT
genomic: CTAAGTCTGAGACTGGAGGTGGTTTCTCGCATGTTGAGTAGGCATGTCAGgtgagataaa ... ttcggtgaagAGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTT
cttttgaggctatggcaatgtaataactctacatgcaattttttcttcggtgaagAGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTTCAGCTCTACTAATAAAACAATCCAGCTCTTGGAGACCAGTAGTAGCTTG
taataac putative branch site (score: 1)
ttttttcttc putative PPT
aattttttctt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagataaatcttagtcgacaacgccccaaatcactcaaactcgtactgttccttttgaggctatggcaatgtaataactctacatgcaattttttcttcggtgaagAGCATGGAAAGCAGATCGGTGTTGGATGCTGCTATCAGCTGTGATGACCTTCAGCTCTACTAATAAAACAATCCAGCTCTTGGAGACCAGTAGTAGCTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA