Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGATAATGCCGTGGATGAAGCTCAAGCAGGCTACGCCACTAAGGTTGATGTTATCCTTCATGGCGACAATTCAGTTAGTGTAACAGACAATGGTCGTGGGgtatgtagttcctaaaaccttatcaagatgtacttcctgtatggccaatgcattttttggggaaattttgacgaccttgtgttaatgatgaacactcatg...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g16290.2
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g16290.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G111014_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GGATAATGCCGTGGATGAAGCTCAAGCAGGCTACGCCACTAAGGTTGATGTTATCCTTCATGGCGACAATTCAGTTAGTGTAACAGACAATGGTCGTGGGgtatgtagttcctaaaaccttatcaagatgtacttcctgtatggccaatgcattttttggg---gaaattttgacgaccttgtgttaa--tgatgaacactcatg
||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||  | ||| |||||||  | |||||||  |||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||||   ||| ||  |  |     | ||||    |   ||||   |||   ||   |||    |  || ||||    | ||    | ||   
GGATAATGCTGTGGATGAAGCTCAAGCGGGCCATGCTTCGAAGATTGATGTAGTTCTTCATGATGACAATTCTGTCAGTGTAACAGACAACGGCCGTGGGgtatgcagtttctaaaaa--tatgaaattccatggtttttatgaaggaattatttcaagggcatgatgcttttgaaatattctgttgtgttcattggtattc---