1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...tgattagagatagcgcattcattggtcctttgatgtgacaaaagtgcaaaacataagtgagattgcataaactttgttcacatatgtgccatccttttagGTCTTGATGCGTTCCAGGCAGAGAAGGTCATGGAAACTCTTAGACAGCTTGCAGAAGATGGACACACGGTGATATGTTCTATACATCAGCCAAGAGGTTC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g03144.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gcaaaacataagtgagattgcataaactttgttcacatatgtgccatccttttagGTCTTGATGCGTTCCAGGCAGAGAAGGTCATGGAAACTCTTAGACAGCTTGCAGAAGATGGACACACGGTGATATGTTCTATACATCAGCCAAGAGGTTC
ccatcctttt CT-rich tract
ataaacttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgattagagatagcgcattcattggtcctttgatgtgacaaaagtgcaaaacataagtgagattgcataaactttgttcacatatgtgccatccttttagGTCTTGATGCGTTCCAGGCAGAGAAGGTCATGGAAACTCTTAGACAGCTTGCAGAAGATGGACACACGGTGATATGTTCTATACATCAGCCAAGAGGTTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - gcattca
- - - - - - - - - - - tggtcct
- - - - - - - - - - - - - - -ttgatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - gacaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgcata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgtgc