Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgttagattctatgtaactatacattcagcaaataggtatccccagaagatctcattaacattcatgtaaatttcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g02020.3
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88261356|gb|CI364932.1|CI364932
EST:     CAGAAGCTTCTT-GTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: CAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|125863427|gb|EL586709.1|EL586709
EST:     CAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: CAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86600622|gb|CI356379.1|CI356379
EST:     CTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: CTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86868992|gb|CI334364.1|CI334364
EST:     CTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: CTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|89194176|gb|CI116613.1|CI116613
EST:     TCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: TCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86494598|gb|CI137231.1|CI137231
EST:     AGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: AGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|88260275|gb|CI362568.1|CI362568
EST:     CAGAAGCTTCTT-GTATTCCTTC-                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: CAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT