Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttgttagattctatgtaactatacattcagcaaataggtatccccagaagatctcattaacattcatgtaaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g02020.3
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g02020.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM5G860137_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
gtatgttgttagattctatgtaactatacattcagcaaatag-----gtat---ccccagaagatctcattaa-cattcatgtaaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG
||  ||   |  ||| | | |   | || ||||||||  |||     ||||   || | | | |||| || ||  ||   |||| ||| ||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||  | || || ||||||||||| |||
gtgagtcactt-attttttatttgtctatattcagcagttagtatttgtatttgcctccggatatctaataaaatatctctgtacatt-cagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88261356|gb|CI364932.1|CI364932
EST:     CAGAAGCTTCTT-GTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: CAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|125863427|gb|EL586709.1|EL586709
EST:     CAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: CAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86600622|gb|CI356379.1|CI356379
EST:     CTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: CTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86868992|gb|CI334364.1|CI334364
EST:     CTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: CTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|89194176|gb|CI116613.1|CI116613
EST:     TCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: TCAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|86494598|gb|CI137231.1|CI137231
EST:     AGCTTCTTGGTATTCCTTCG                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: AGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
EST: gi|88260275|gb|CI362568.1|CI362568
EST:     CAGAAGCTTCTT-GTATTCCTTC-                         GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT
genomic: CAGAAGCTTCTTGGTATTCCTTCGgtatgttgtt ... taaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cattcagcaaataggtatccccagaagatctcattaacattcatgtaaatttcagGGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGG
                               cattaac  putative branch site (score: 2)
                                      attcatgtaaattt  TA-rich tract