Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttcgttaccatcctcaagtgatgctgtaaatttcggcgaactaagccatcatccattgttcttgcttgcttatggtataatgtcaacatgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGATGGGCTGTGGGATGTGTATAATGATTTCCCAATGGGAATGTGTGCCGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g02020.3
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g02020.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM5G860137_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gttcgttaccatcctcaagtgatgctgtaaatttcg-gcgaactaagccatcatccattgttct-tgcttgcttatggt-ataat--gtcaacatgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGATGGGCTGTGGGATGTGTATAATGATTTCCCAATGGGAATGTGTGCCGAG
|||| |||| || ||||| ||||| |  | | |    ||       |  | | |||  |||| | |  | |||| || | | ||   || || ||   ||||||||| || |||||||| || || || |||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || 
gttcattactattctcaactgatgttacagactagatgcttttgtcgtaagcgtcctctgttgtattgtagcttgtgcttacaacaagtgaaaataaaatgcagACGAGGATCACGGTTCGGACATGATGTCCTTGTTGATGGGATGCTCAAGGATGGCCTGTGGGATGTCTATAACGATTTCCCGATGGGAATGTGTGCTGAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88377671|gb|CI605506.1|CI605506
EST:     GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAG                         ACGGCGGTCACCGTTTGCGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCACAG-
genomic: GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCA-AGG
EST: gi|117240405|gb|CT842781.1|CT842781
EST:     GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAG                         ACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|29641199|gb|CB646206.1|CB646206
EST:     GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAG                         ACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|58588269|gb|CF986577.1|CF986577
EST:     GGTGGGATGGAGAGCATGTTCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAG                         ACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGAAGTCCTCATCGATGGGATGCT
genomic: GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCT
EST: gi|29675316|gb|CB671591.1|CB671591
EST:     GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAG                         ACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|568197|gb|D39032.1|D39032
EST:     GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAG                         ACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|58590983|gb|CF989291.1|CF989291
EST:     GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAG                         ACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|29640750|gb|CB645757.1|CB645757
EST:     GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAG                         ACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|427922|gb|D24066.1|D24066
EST:     GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGNCAGCAAG                         ACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|58654730|gb|CK043410.1|CK043410
EST:     GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAG                         ACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|58608101|gb|CK036134.1|CK036134
EST:     GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAG                         ACGGGGGTCACGGTTTGGGCAC
genomic: GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agccatcatccattgttcttgcttgcttatggtataatgtcaacatgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGATGGGCTGTGGGATGTGTATAATGATTTCCCAATGGGAATGTGTGCCGAG
                                tataatgt  TA-rich tract