Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCTTGCGGCGCAGACTATTCAGCTTGGGATGCATGATGTTGTTGTCGCTGGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttaccatcctcaagtgatgctgtaaatttcggcgaactaagccatcatccattgttcttgcttgcttatggtataatgtcaacatgttatgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g02020.2
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88377671|gb|CI605506.1|CI605506
EST:     GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAG                         ACGGCGGTCACCGTTTGCGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCACAG-
genomic: GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCA-AGG
EST: gi|117240405|gb|CT842781.1|CT842781
EST:     GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAG                         ACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|29641199|gb|CB646206.1|CB646206
EST:     GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAG                         ACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|58588269|gb|CF986577.1|CF986577
EST:     GGTGGGATGGAGAGCATGTTCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAG                         ACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGAAGTCCTCATCGATGGGATGCT
genomic: GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCT
EST: gi|29675316|gb|CB671591.1|CB671591
EST:     GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAG                         ACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|568197|gb|D39032.1|D39032
EST:     GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAG                         ACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|58590983|gb|CF989291.1|CF989291
EST:     GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAG                         ACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|29640750|gb|CB645757.1|CB645757
EST:     GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAG                         ACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|427922|gb|D24066.1|D24066
EST:     GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGNCAGCAAG                         ACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|218480326|gb|FG963594.1|FG963594
EST:     ATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAG                         ACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: ATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|58654730|gb|CK043410.1|CK043410
EST:     GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAG                         ACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
genomic: GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGA
EST: gi|58608101|gb|CK036134.1|CK036134
EST:     GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAG                         ACGGGGGTCACGGTTTGGGCAC
genomic: GGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 69 (upstream exon), 60 (downstream exon)
Score: 8

TGCTTGCGGCGCAGACTATTCAGCTTGGGATGCATGATGTTGTTGTCGCTGGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttacc ... tgttatgcagACGGGGGTCACGGTTTGGGCACGACGTCCTCATCGATGGGATGCTCAAGGATGGGCTGTGGGATGTGTATAATGATTTCCCAATGGGAATGTGTGCCGAG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGCTTGCGGCGCAGACTATTCAGCTTGGGATGCATGATGTTGTTGTCGCTGGTGGGATGGAGAGCATGTCCAATGCCCCCAAATATGTCGCGGCAGCAAGgttcgttaccatcctcaagtgatgctgtaaatttcggcgaactaagccatcatccattgttcttgcttgcttatggtataatgtcaacatgttatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG