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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGAGACTTCTTTCGGCGATGATATGTGAATACCTTGACTGGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatgaatccttgtttttatttttccgtagtatctgcgttcctgttggctgttgctttctgttatttttttttcccgtcgtgaggcatttggctgaataaacatttttgcaggag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G38790.4
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G38790.4 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os12g01170.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GGAGACTTCTTTCGGCGATGATATGTGAATACCTTGACTGGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatgaatccttgtttttatttttccgtag-tatctgcgttcctgttggctgttgctttctgttatttttttttcccgtcgtgaggcatttggctgaataaacatttttgcaggag
| ||  |  |  | ||  |  || |||||||| | || ||||| ||||| ||||| ||| | ||||||||||| || ||||||||| ||||||    |       | |  | | | ||   | | ||| | |           ||| |  |  ||| ||||  || ||  |    ||  |||||||  | ||| |               
GTAGGTTATTAACAGCACTTGTAAGTGAATACTTGGAGTGGGCCCAGCTAAGTCACACGATGAAAGTTTATCTGCCTGAATGTAATCTGgtaacagtttgccatatctcataaatcttggatggatatgtccaaaatcaacatctgctaatg-ctgctattgattgttggc----tgttgcatttg--taaatcag--------------

upper sequence: GLYMA20G38790.4 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv13s0067g03320.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
GGAGACTTCTTTCGGCGATGATATGTGAATACCTTGACTGGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatga-atccttgtttttatttttccgtagtatctgcgttcctgttggctgttgctttctgttatttttttttcccgtcgtg--aggcatttg--gctgaataaacatttttgcaggag---------------
| ||  | ||  | ||  | |||||||||||| | |||||||| ||  | |  || ||   |||||||||| ||||||||||||||||||||||   ||| ||  |   | || || |    |  | |     ||| | || ||  ||  |||     | | | |||     || |   |   ||||   | ||| | ||  ||| |     |                
GAAGGTTGCTAGCTGCACTAATATGTGAATACTTGGACTGGGCACAATTGAACCACACATCAAAAGTTTATATTCCGGAATGTAATTTGgtaatctgtgacattttgactatttttctgttttcttcttcttcttcttttttgcaattagttttaaccactctgtttaattatccttttacatatttactgatgagtcaagttttattttttattttttcaaaatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|13563206|gb|BG551426.1|BG551426
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|13563206|gb|BG551426.1|BG551426
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|22522110|gb|BU080921.1|BU080921
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|22522110|gb|BU080921.1|BU080921
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|193340928|gb|FK307205.1|FK307205
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|193340928|gb|FK307205.1|FK307205
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|254329094|gb|GR833466.1|GR833466
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|254329094|gb|GR833466.1|GR833466
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|298184578|gb|HO029791.1|HO029791
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|298184578|gb|HO029791.1|HO029791
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|58015683|gb|CX702425.1|CX702425
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGGAG                       
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTT---Ggtaattaatg ... tttgcagg
EST: gi|151405813|gb|EV275628.1|EV275628
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|151405813|gb|EV275628.1|EV275628
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|298191648|gb|HO039127.1|HO039127
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|298191648|gb|HO039127.1|HO039127
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|151405233|gb|EV275047.1|EV275047
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|151405233|gb|EV275047.1|EV275047
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|298199357|gb|HO042720.1|HO042720
EST:     GGGCGCGGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|298199357|gb|HO042720.1|HO042720
EST:     GGGCGCGGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|192325538|gb|FK018434.1|FK018434
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|192325538|gb|FK018434.1|FK018434
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|31469024|gb|CD411052.1|CD411052
EST:     CTTCCGGAATGTAATTTGGAG                       
genomic: CTTCCGGAATGTAATTT---Ggtaattaatg ... tttgcagg
EST: gi|298168800|gb|HO009730.1|HO009730
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGGATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|298168800|gb|HO009730.1|HO009730
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGGATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|151408547|gb|EV278355.1|EV278355
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|151408547|gb|EV278355.1|EV278355
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|298186320|gb|HO036953.1|HO036953
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|298186320|gb|HO036953.1|HO036953
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|208206870|gb|GE004663.1|GE004663
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|208206870|gb|GE004663.1|GE004663
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|298198893|gb|HO042256.1|HO042256
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|298198893|gb|HO042256.1|HO042256
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         G
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... tttgcaggag-
EST: gi|58018879|gb|CX705621.1|CX705621
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGGAG                       
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTT---Ggtaattaatg ... tttgcagg

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGAGACTTCTTTCGGCGATGATATGTGAATACCTTGACTGGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatgaatccttgtttttatttttccgtagtatctgcgttcctgttggctgttgctttctgttatttttttttcccgtcgtgaggcatttggctgaataaacatttttgcaggag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTCA