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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattaatgaatccttgtttttatttttccgtagtatctgcgttcctgttggctgttgctttctgttatttttttttcccgtcgtgaggcatttggctgaataaacatttttgcagGAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGATATGATCTCAACAGAAACAGAGATAGTCCTCTACTCTTGGATGTGCTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G38790.3
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298186320|gb|HO036953.1|HO036953
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         GAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAGTGGA
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... atttttgcagGAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
EST: gi|208206870|gb|GE004663.1|GE004663
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         GAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... atttttgcagGAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
EST: gi|298168800|gb|HO009730.1|HO009730
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGGATGTAATTTG                         GAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... atttttgcagGAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
EST: gi|193338472|gb|FK303399.1|FK303399
EST:     GCAGCTCAGTCATACGCTTAAAAGTTTTATTCTTTCCGGAATGTAATTTG                         GAGAAAGATTTT-GGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
genomic: GCAGCTCAGTCATACGCT-AAAAGTTT-AT-CTT-CCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... atttttgcagGAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
EST: gi|151405233|gb|EV275047.1|EV275047
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         GAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... atttttgcagGAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
EST: gi|298191648|gb|HO039127.1|HO039127
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         GAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... atttttgcagGAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
EST: gi|208224417|gb|GE021812.1|GE021812
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         GAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... atttttgcagGAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
EST: gi|13563206|gb|BG551426.1|BG551426
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         GAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTACCAAAAATGGA
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... atttttgcagGAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
EST: gi|208192634|gb|GD989754.1|GD989754
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         GAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... atttttgcagGAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
EST: gi|298198893|gb|HO042256.1|HO042256
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         GAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... atttttgcagGAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
EST: gi|193340928|gb|FK307205.1|FK307205
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         GAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... atttttgcagGAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
EST: gi|151408547|gb|EV278355.1|EV278355
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         GAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... atttttgcagGAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
EST: gi|254329094|gb|GR833466.1|GR833466
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         GAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... atttttgcagGAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
EST: gi|192325538|gb|FK018434.1|FK018434
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         GAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... atttttgcagGAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
EST: gi|22522110|gb|BU080921.1|BU080921
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         GAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... atttttgcagGAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
EST: gi|298199357|gb|HO042720.1|HO042720
EST:     GGGCGCGGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         GAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... atttttgcagGAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
EST: gi|298184578|gb|HO029791.1|HO029791
EST:     GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTG                         GAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA
genomic: GGGCGCAGCTCAGTCATACGCTAAAAGTTTATCTTCCGGAATGTAATTTGgtaattaatg ... atttttgcagGAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctgttatttttttttcccgtcgtgaggcatttggctgaataaacatttttgcagGAGAAAGATTTTTGGAAGACAGAGCTTAAGGAGTTTAGTGCCAAAAATGGATATGATCTCAACAGAAACAGAGATAGTCCTCTACTCTTGGATGTGCTTG
                                            cattttt  CT-rich tract
                                    tgaataaacattttt  TA-rich tract