Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAAGAGCTAGGGCCTTGTATTAACCATATCGGAACATTTGTCGTGAACCTCAAGAATTTAAGTCAGAGgtaatacctttttaagggcatatgtttttggaaatttctttaagaatacaatattttcacaatgtcaacacacagatgcacacaaatataaaaatgagca...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G38530.1
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9985234|gb|BE659342.1|BE659342
EST:     CATATCGGAACATTTGTCGTGAACCTCAAGAANNNAAGTCAGAG                         GTTAGAGATGACACCCAGTGCAGATACTGAGGAGTCAGAAGTATTAAGTCC
genomic: CATATCGGAACATTTGTCGTGAACCTCAAGAATTTAAGTCAGAGgtaatacctt ... gagggtacagGTTAGAGATGACACCCAGTGCAGATACTGAGGAGTCAGAAGTATTAAGTCC
EST: gi|254327727|gb|GR834692.1|GR834692
EST:     CCATATCGGAACATTTGTCGTGAACCTCAAGAATTTAAGTCAGAG                         GTTAGAGATGACACCCAGTGCAGATACTGAGGAGTCAGAAGTATTAAGTCC
genomic: CCATATCGGAACATTTGTCGTGAACCTCAAGAATTTAAGTCAGAGgtaatacctt ... gagggtacagGTTAGAGATGACACCCAGTGCAGATACTGAGGAGTCAGAAGTATTAAGTCC
EST: gi|57575890|gb|CX548861.1|CX548861
EST:     ATTAACCATATCGGAACATTTGTCGTGAACCTCAAGAATTTAAGTCAGAG                         GTTAGAGATGACACCCAGTGCAGATATTGAGGAGTCAGAAGTATTAAGTCC
genomic: ATTAACCATATCGGAACATTTGTCGTGAACCTCAAGAATTTAAGTCAGAGgtaatacctt ... gagggtacagGTTAGAGATGACACCCAGTGCAGATACTGAGGAGTCAGAAGTATTAAGTCC
EST: gi|151410338|gb|EV280153.1|EV280153
EST:     ATTAACCATATCGGAACATTTGTCGTGAACCTCAAGAATTTAAGTCAGAG                         GTTAGAGATGACACCCAGTGCAGATACTGAGGAGTCAGAAGTATTAAGTCC
genomic: ATTAACCATATCGGAACATTTGTCGTGAACCTCAAGAATTTAAGTCAGAGgtaatacctt ... gagggtacagGTTAGAGATGACACCCAGTGCAGATACTGAGGAGTCAGAAGTATTAAGTCC
EST: gi|58025300|gb|CX712041.1|CX712041
EST:     ATTAACCATATCGGAACATTTGTCGTGAACCTCAAGAATTTAAGTCAGAG                         GTTAGAGATGACACCCAGTGCAGATACTGAGGAGTCAGAAGTATTAAGTCC
genomic: ATTAACCATATCGGAACATTTGTCGTGAACCTCAAGAATTTAAGTCAGAGgtaatacctt ... gagggtacagGTTAGAGATGACACCCAGTGCAGATACTGAGGAGTCAGAAGTATTAAGTCC