Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTTGTTTAAACATTTACAGGAAAAACTTCTTCTCACTGAGgtatgttgggcatatatttgagtgctttgtattcctgtatgccctgttatggtttggtttgtagataattcaatcgaattagttcttaagtttagttggatgagatagtagatattgttgaaagtttgcaatgtttacttttcgtttttgctataggaattgatctattggtttgtatttgttctttgttacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G35770.5
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G35770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: AT5G23490.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 9
GTTTTGTTTAAACATTTACAGGAAAAACTTCTTCTCACTGAGgtatgttgggcatatatttgagtgctttgtatt---cctgtatgccctgttatggtttggtttgtagataattcaatcgaattagttcttaagtttagttggatgagatagtagatattgttgaaagtttgcaatgtttacttttcgtttttgctataggaattgatctattggtttgtatttgttctttgttacag
||||||||||| ||| |||| ||||| || ||||| |||||||||||||   |   |||  |  |   | || ||    ||   || | || |    ||| |  |   | |  ||   | |  ||   |  |   |||| ||     ||| |   ||||  | |||  ||||   || |||  || | ||  | |                                            
GTTTTGTTTAAGCATCTACAAGAAAAGCTCCTTCTTACTGAGgtatgttatccgggtatgggcttatctggtgttaaatctcagtgtc-tgcttcatttttgacttctgtttttttcttagcgttgaat--tggctttatttcttacagacatatgata--gatgattgtttctgatcttt--ttcttgtactag--------------------------------------------