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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGAGCCAGCCACATTGGCCATTACGAGGGAAGGTTACAGTATCAAATGCAGTGGACAAAGTGGAGTTGTAATCACAGAAAAATTTTCACCGTCCACCACTgtaagatgttttattctttgttattctgtatggatatttggctaatttatcattgattctaggaaatgaagtaaaattctttaatgaaatgtccctttcc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G35770.5
intron # 18
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G35770.4 (Glycine max), 5'ss of exon 19
lower sequence: Vv07s0130g00420.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 18
GGAGCCAGCCACATTGGCCATTACGAGGGAAGGTTACAGTATCAAATGCAGTGGACAAAGTGGAGTTGTAATCACAGAAAAATTTTCACCGTCCACCACTgtaagatgttttattctttgttattctgtatggatatttggctaatttatcattgattctaggaaatgaagtaaaattctttaat----gaaatgtccctttcc
||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||||| ||||| || | |||||  ||||| | |||| || | || || |||||| |  |||| | |||| |||   |||||   |   ||| | |     | ||||   |  |   |    |   | |       |   |  | || |  |    | |||  |       
GGAACCAGCTACTTTGGCCATTAAGAGGGAAGGTTACAGCATCAAGTGTACTGGACCTAGTGGTGCTGTAGTCTCTGAGAAGTTTTCATCAGCCACAAATgtatgattacttatttgct-caatttttttctattgtttgaaaagctatccgcataaaatggtggtcagaaggacttcctgtggtcttaggaataacagag---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207728500|gb|GD707236.1|GD707236
EST:     TGGACAAAAGTGGAGTTGTAATCACAGAAAAATTTTCACCGTCCACCACT                         GTTATGATTCCATATGGACATACTTCAGNGTTTATTATAATTGGTTCCAGT
genomic: TGGAC-AAAGTGGAGTTGTAATCACAGAAAAATTTTCACCGTCCACCACTgtaagatgtt ... acttctgtagGTTATGATTCCATATGGACATACTTCAGAGTTTATTATAATTGGTTCCAGT
EST: gi|208287426|gb|GE085734.1|GE085734
EST:     GTGGACAGAGTGGAGTTGTAATCACAGAAAAATTTTCACCGTCCACCACT                         GTTATGATTCCATATGGACATACTTCAGAGTTTATTATAATTGGTTCCAGT
genomic: GTGGACAAAGTGGAGTTGTAATCACAGAAAAATTTTCACCGTCCACCACTgtaagatgtt ... acttctgtagGTTATGATTCCATATGGACATACTTCAGAGTTTATTATAATTGGTTCCAGT
EST: gi|208067511|gb|GD865375.1|GD865375
EST:     GTGGACAAAGTGGAGTTGTAATCACAGAAAAATTTTCACCGTCCACCACT                         GTTATGATTCCATATGGACATACTTCAGAGTTTATTATAATTGGTTCCAGT
genomic: GTGGACAAAGTGGAGTTGTAATCACAGAAAAATTTTCACCGTCCACCACTgtaagatgtt ... acttctgtagGTTATGATTCCATATGGACATACTTCAGAGTTTATTATAATTGGTTCCAGT
EST: gi|193675992|gb|FK617822.1|FK617822
EST:     GTGGACAAAGTGGAGTTGTAATCACAGAAAAATTTTCACCGTCCACCACT                         GTTATGATTCCATATGGACATACTTCAGAGTTTATTATAATTGGTTCCAGT
genomic: GTGGACAAAGTGGAGTTGTAATCACAGAAAAATTTTCACCGTCCACCACTgtaagatgtt ... acttctgtagGTTATGATTCCATATGGACATACTTCAGAGTTTATTATAATTGGTTCCAGT
EST: gi|193389247|gb|FK356344.1|FK356344
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genomic: GTGGACAAAGTGGAGTTGTAATCACAGAAAAATTTTCACCGTCCACCACTgtaagatgtt ... acttctgtagGTTATGATTCCATATGGACATACTTCAGAGTTTATTATAATTGGTTCCAGT
EST: gi|208104448|gb|GD906357.1|GD906357
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EST: gi|193318944|gb|FK285878.1|FK285878
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EST: gi|207691613|gb|GD675274.1|GD675274
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EST: gi|208285042|gb|GE086976.1|GE086976
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EST: gi|208102259|gb|GD897756.1|GD897756
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EST: gi|207790246|gb|GD762279.1|GD762279
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EST: gi|193399996|gb|FK367427.1|FK367427
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EST: gi|193568476|gb|FK523049.1|FK523049
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EST: gi|208067167|gb|GD862217.1|GD862217
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EST: gi|208109739|gb|GD905357.1|GD905357
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EST: gi|208093422|gb|GD896437.1|GD896437
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EST: gi|207816851|gb|GD788392.1|GD788392
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EST: gi|193625249|gb|FK577405.1|FK577405
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EST: gi|208332542|gb|GE128695.1|GE128695
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EST: gi|207792727|gb|GD766999.1|GD766999
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EST: gi|193644561|gb|FK591623.1|FK591623
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EST: gi|208238574|gb|GE039480.1|GE039480
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EST: gi|193496992|gb|FK459932.1|FK459932
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EST: gi|193323638|gb|FK290490.1|FK290490
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EST: gi|193566680|gb|FK525999.1|FK525999
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EST: gi|207840934|gb|GD813199.1|GD813199
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EST: gi|208139415|gb|GD933911.1|GD933911
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EST: gi|208135893|gb|GD933714.1|GD933714
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EST: gi|193708800|gb|FK645024.1|FK645024
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EST: gi|207784253|gb|GD755106.1|GD755106
EST:     GTGGACAAAGTGGAGTTGTAATCACAGAAAAATTTTCACCGTCCACCACT                         GTTATGATTCCATATGGACATACTTCAGAGTTTATTATAATTGGTTCCAGT
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EST: gi|193459579|gb|FK424752.1|FK424752
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EST: gi|193485035|gb|FK450691.1|FK450691
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genomic: GTGGACAAAGTGGAGTTGTAATCACAGAAAAATTTTCACCGTCCACCACTgtaagatgtt ... acttctgtagGTTATGATTCCATATGGACATACTTCAGA
EST: gi|207791204|gb|GD760577.1|GD760577
EST:     GTGGACAAAGTGGAGTTGTAATCACAGAAAAATTTTCACCGTCCACCACT                         GTTATGATTCCATATGGACATACTTCAGAGTTTATTATAATTGGTTCCAGT
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EST: gi|193727116|gb|FK659840.1|FK659840
EST:     GTGGACAAAGTGGAGTTGTAATCACAGAAAAATTTTCACCGTCCACCACT                         GTTATTGATTCCATATGGACATACTTCAGAGTTTATTATAATTGGTTCCAG
genomic: GTGGACAAAGTGGAGTTGTAATCACAGAAAAATTTTCACCGTCCACCACTgtaagatgtt ... acttctgtagGTTA-TGATTCCATATGGACATACTTCAGAGTTTATTATAATTGGTTCCAG
EST: gi|193527367|gb|FK487595.1|FK487595
EST:     GTGGACAAAGTGGAGTTGTAATCACAGAAAAATTTTCACCGTCCACCACT                         GTTATGATTCCATATGGACATACTTCAGAGTTTATTATAA
genomic: GTGGACAAAGTGGAGTTGTAATCACAGAAAAATTTTCACCGTCCACCACTgtaagatgtt ... acttctgtagGTTATGATTCCATATGGACATACTTCAGAGTTTATTATAA
EST: gi|193451987|gb|FK420997.1|FK420997
EST:     GTGGACAAAGTGGAGTTGTAATCACAGAAAAATTTTCACCGTCCACCACT                         GTTATGATTCCATATGGACATACTTCAGAGTTTATTATAATTGGTTCCAGT
genomic: GTGGACAAAGTGGAGTTGTAATCACAGAAAAATTTTCACCGTCCACCACTgtaagatgtt ... acttctgtagGTTATGATTCCATATGGACATACTTCAGAGTTTATTATAATTGGTTCCAGT
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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