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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...attgcaatttgtaatctcatttgtgatttatctatttctgatttttttttttttgttttgccttctgcttttaataatatttatgtttctccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G35770.5
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207728500|gb|GD707236.1|GD707236
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
EST: gi|208067511|gb|GD865375.1|GD865375
EST:     AATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACTAGATTTCTAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
genomic: AATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGAC-AGATTTC-AGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
EST: gi|193675992|gb|FK617822.1|FK617822
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTC
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTC
EST: gi|193389247|gb|FK356344.1|FK356344
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTAT
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTAT
EST: gi|208104448|gb|GD906357.1|GD906357
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
EST: gi|207691613|gb|GD675274.1|GD675274
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGACTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
EST: gi|208285042|gb|GE086976.1|GE086976
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
EST: gi|193399996|gb|FK367427.1|FK367427
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
EST: gi|193339658|gb|FK302261.1|FK302261
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTA
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTA
EST: gi|193568476|gb|FK523049.1|FK523049
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
EST: gi|208067167|gb|GD862217.1|GD862217
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATCTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
EST: gi|208332542|gb|GE128695.1|GE128695
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
EST: gi|207792727|gb|GD766999.1|GD766999
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGACTACACTTTGAGATTAT
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTG-CT-CACTTTGAGATTAT
EST: gi|208264008|gb|GE061720.1|GE061720
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
EST: gi|193338948|gb|FK302671.1|FK302671
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCT
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCT
EST: gi|193644561|gb|FK591623.1|FK591623
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTAT-CATCCTGAGGAGG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
EST: gi|208238574|gb|GE039480.1|GE039480
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAG
EST: gi|193323638|gb|FK290490.1|FK290490
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
EST: gi|193566680|gb|FK525999.1|FK525999
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTTTACTTTGAGTATTTATTCATCCTGAGGAG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTC-ACTTTGAG-ATT-ATTCATCCTGAGGAG
EST: gi|207840934|gb|GD813199.1|GD813199
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGAATTAATTACATCCTGAGGAG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGA-TTA-TT-CATCCTGAGGAG
EST: gi|193459579|gb|FK424752.1|FK424752
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGC
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGC
EST: gi|207791204|gb|GD760577.1|GD760577
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTG
EST: gi|193727116|gb|FK659840.1|FK659840
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTAGAGAATTATT
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTT-GAGA-TTATT
EST: gi|193451987|gb|FK420997.1|FK420997
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGA
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGA
EST: gi|193325961|gb|FK288132.1|FK288132
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAG
EST: gi|207838804|gb|GD810466.1|GD810466
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
EST: gi|193538641|gb|FK495497.1|FK495497
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
EST: gi|208023984|gb|GD821906.1|GD821906
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTG
EST: gi|208255117|gb|GE053120.1|GE053120
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACATTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
EST: gi|193516665|gb|FK476867.1|FK476867
EST:     ATAATTGGTTCCA-TG-TGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
EST: gi|193416034|gb|FK376668.1|FK376668
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGAT
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGAT
EST: gi|193305422|gb|FK271353.1|FK271353
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTG
EST: gi|207682906|gb|GD665375.1|GD665375
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATACCTGAAGGAGG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCAT-CCTGA-GGAGG
EST: gi|193447882|gb|FK416317.1|FK416317
EST:     ATAATTGGTTCCGGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCA
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCA
EST: gi|208318235|gb|GE113670.1|GE113670
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACCATTGTGCTCACTTTGAGATTATT
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttttttttgttttgccttctgcttttaataatatttatgtttctccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
                       ttttaat  putative branch site (score: 3)
                                  tttatgtttctccttt  putative PPT
                       ttttaataatatttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
attgcaatttgtaatctcatttgtgatttatctatttctgatttttttttttttgttttgccttctgcttttaataatatttatgtttctccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG

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