Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtacactcagaaagttagatatctatatatacactgaaatgctgagttagattatgttagattatctgatgatgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGCTGGATTCATCATTCCTGAGGCCTTTAACAAATACGGAGCTAACTGTGGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G35530.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G35530.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT4G10340.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
--------gtatgtacactcagaaagttagatatctatatatacactgaaatgctgagttag--attatgttagattatctgatga-tgtgat-gcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGCTGGATTCATCATTCCTGAGGCCTTTAACAAATACGGAGCTAACTGTGGT
         |   |  |  |  ||  ||   | | |   |  |     |  |   || || |  |||| | | | || | | |||| |||| | | |||||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||| ||| | || || ||||| |||||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||| 
gtaagtagattcttttatcctaaaccttttgtgtttgctttgagctatatctatcgaatttgtcattaagattggttctttaatgaatgtggttgtagATACCAAGCTTTTGAATTGATCCATGCGAGATGGGCTATGTTAGGAGCAGCTGGTTTCATCATTCCTGAAGCTTTAAACAAATATGGCGCTAACTGTGGC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209727197|gb|BW655235.1|BW655235
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|209707832|gb|BW683728.1|BW683728
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|209697500|gb|BW670001.1|BW670001
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|15284925|gb|BI468816.1|BI468816
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|24135389|gb|BU925899.1|BU925899
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|31305455|gb|CD390658.1|CD390658
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|15662304|gb|BI699675.1|BI699675
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|31305180|gb|CD390383.1|CD390383
EST:     GAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: GAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|31312504|gb|CD397707.1|CD397707
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|9898921|gb|BE607889.1|BE607889
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|213597770|gb|DB960327.1|DB960327
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|19270057|gb|BM886313.1|BM886313
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|31561294|gb|CD487132.1|CD487132
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|17962784|gb|BM269541.1|BM269541
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|23064373|gb|BU579146.1|BU579146
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|31561507|gb|CD487345.1|CD487345
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|209727225|gb|BW655236.1|BW655236
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|15286458|gb|BI470349.1|BI470349
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|8670142|gb|BE191249.1|BE191249
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|192293843|gb|FG986052.1|FG986052
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|213612114|gb|DB956851.1|DB956851
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|17401712|gb|BM178494.1|BM178494
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|209715030|gb|BW650881.1|BW650881
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|8670152|gb|BE191259.1|BE191259
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|20813004|gb|BQ297482.1|BQ297482
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|17518866|gb|BM187908.1|BM187908
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|31474651|gb|CD416679.1|CD416679
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGTTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|15285366|gb|BI469257.1|BI469257
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|31470087|gb|CD412115.1|CD412115
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|213595532|gb|DB962430.1|DB962430
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|213595421|gb|DB962403.1|DB962403
EST:     TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         ATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGACCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtacac ... tgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatacactgaaatgctgagttagattatgttagattatctgatgatgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGCTGGATTCATCATTCCTGAGGCCTTTAACAAATACGGAGCTAACTGTGGT
                                    atctgat  putative branch site (score: 4)
                       attatgttagattat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtacactcagaaagttagatatctatatatacactgaaatgctgagttagattatgttagattatctgatgatgtgatgcagATACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGCTGGATTCATCATTCCTGAGGCCTTTAACAAATACGGAGCTAACTGTGGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT