Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCATATTCATTTTCAGTTCCACAGCAGTGCTCCTCATCTTCTAATCTGAAGTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatattctttcatttccaagggagaaaagaaatgaaaatacagaatcaaattactaaactaaatattggatgggtagagccaaatagtgtgaact...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G35220.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192317303|gb|FK010534.1|FK010534
EST:     GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|193645940|gb|FK593897.1|FK593897
EST:     GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTC
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTC
EST: gi|214005959|gb|DB986562.1|DB986562
EST:     CATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: CATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|208293559|gb|GE093491.1|GE093491
EST:     GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTT
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTT
EST: gi|19054017|gb|BM732684.1|BM732684
EST:     GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|207790051|gb|GD761314.1|GD761314
EST:     GATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|26058574|gb|CA801488.1|CA801488
EST:     GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|254334837|gb|GR844622.1|GR844622
EST:     GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|254332366|gb|GR846411.1|GR846411
EST:     GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|209724665|gb|BW677745.1|BW677745
EST:     GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|208053636|gb|GD852681.1|GD852681
EST:     GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|208189421|gb|GD985673.1|GD985673
EST:     GATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|254328468|gb|GR835433.1|GR835433
EST:     GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|193605103|gb|FK556417.1|FK556417
EST:     GGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCTGTAGTAGCTAC
genomic: GGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|8404031|gb|BE059665.1|BE059665
EST:     GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGG
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGG
EST: gi|22929413|gb|BU546552.1|BU546552
EST:     GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|208291745|gb|GE091971.1|GE091971
EST:     ATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: ATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|213603035|gb|DB980959.1|DB980959
EST:     GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|193316487|gb|FK278969.1|FK278969
EST:     GGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|20813587|gb|BQ298065.1|BQ298065
EST:     GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|208318678|gb|GE111145.1|GE111145
EST:     GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTG
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTG
EST: gi|208227836|gb|GE027820.1|GE027820
EST:     GATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|192300359|gb|FG987876.1|FG987876
EST:     GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|254343848|gb|GR857604.1|GR857604
EST:     GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|254332365|gb|GR846410.1|GR846410
EST:     GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|209718152|gb|BW677423.1|BW677423
EST:     GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|15815699|gb|BI787974.1|BI787974
EST:     GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|10709079|gb|BF008803.1|BF008803
EST:     GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|208261178|gb|GE058632.1|GE058632
EST:     GGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: gi|151398142|gb|EV268020.1|EV268020
EST:     GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCATATTCATTTTCAGTTCCACAGCAGTGCTCCTCATCTTCTAATCTGAAGTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatattctttcatttccaagggagaaaagaaatgaaaatacagaatcaaattactaaactaaatattggatgggtagagccaaatagtgtgaact

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggagaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaatgaaa