1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
ACTTCTTGATGCTGACCTTGAAAGTGATATCTTGGGTTGGCAGTATATCTCAGGAGGCTTACCAGATGGCCATGAGCTTGAGCGCTTGGACAATCCGGAGgtttgtcatgttttccttcattcaaaggatttacagtttgcttggtatcactcagatgtgattattttatattccctagtttaattaatttaaatttctg...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G35220.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CAGGAGGCTTACCAGATGGCCATGAGCTTGAGCGCTTGGACAATCCGGAG ATTCAAGGGGTTAAATTTGATCCAGAAGGTGAATATGTGAGACAATGGCTAEST: gi|192317302|gb|FK010533.1|FK010533
genomic: CAGGAGGCTTACCAGATGGCCATGAGCTTGAGCGCTTGGACAATCCGGAGgtttgtcatg ... ttggtgacagATTCAAGGGGTTAAATTTGATCCAGAAGGTGAATATGTGAGACAATGGCTA
EST: CAGGAGGCTTACCAGATGGCCATGAGCTTGAGCGCTTGGACAATCCGGAG ATTCAAGGGGTTAAATTTGATCCAGAAGGTGAATATGTGAGACAATGGCTAEST: gi|15815166|gb|BI787441.1|BI787441
genomic: CAGGAGGCTTACCAGATGGCCATGAGCTTGAGCGCTTGGACAATCCGGAGgtttgtcatg ... ttggtgacagATTCAAGGGGTTAAATTTGATCCAGAAGGTGAATATGTGAGACAATGGCTA
EST: CAGGAGGCTTACCAGATGGCCATGAGCTTGAGCGCTTGGACAATCCGGAG ATTCAAGGGGTTAAATTTGATCCAGAAGGTGAATATGTGAGACAATGGCTAEST: gi|208277401|gb|GE081212.1|GE081212
genomic: CAGGAGGCTTACCAGATGGCCATGAGCTTGAGCGCTTGGACAATCCGGAGgtttgtcatg ... ttggtgacagATTCAAGGGGTTAAATTTGATCCAGAAGGTGAATATGTGAGACAATGGCTA
EST: CAGGAGGCTTACCAGATGGCCATGAGCTTGAGCGCTTGGACAATCCGGAG ATTCAAGGGGTTAAATTTGATCCAGAAGGTGAATATGTGAGACAATGGCTAEST: gi|254343847|gb|GR857603.1|GR857603
genomic: CAGGAGGCTTACCAGATGGCCATGAGCTTGAGCGCTTGGACAATCCGGAGgtttgtcatg ... ttggtgacagATTCAAGGGGTTAAATTTGATCCAGAAGGTGAATATGTGAGACAATGGCTA
EST: CAGGAGGCTTACCAGATGGCCATGAGCTTGAGCGCTTGGACAATCCGGAG ATTCAAGGGGTTAAATTTGATCCAGAAGGTGAATATGTGAGACAATGGCTAEST: gi|254334836|gb|GR844621.1|GR844621
genomic: CAGGAGGCTTACCAGATGGCCATGAGCTTGAGCGCTTGGACAATCCGGAGgtttgtcatg ... ttggtgacagATTCAAGGGGTTAAATTTGATCCAGAAGGTGAATATGTGAGACAATGGCTA
EST: ACCAGATGGCCATGAGCTTGAGCGCTTGGACAATCCGGAG ATTCAAGGGGTTAAATTTGATCCAGAAGGTGAATATGTGAGACAATGGCTAEST: gi|192300359|gb|FG987876.1|FG987876
genomic: ACCAGATGGCCATGAGCTTGAGCGCTTGGACAATCCGGAGgtttgtcatg ... ttggtgacagATTCAAGGGGTTAAATTTGATCCAGAAGGTGAATATGTGAGACAATGGCTA
EST: CAGGAGGCTTACCAGATGGCCATGAGCTTGAGCGCTTGGACAATCCGGAG ATTCAAGGGGTTAAATTTGATCCAGAAGGTGAATATGTGAGACAATGGCTAEST: gi|192323164|gb|FK017390.1|FK017390
genomic: CAGGAGGCTTACCAGATGGCCATGAGCTTGAGCGCTTGGACAATCCGGAGgtttgtcatg ... ttggtgacagATTCAAGGGGTTAAATTTGATCCAGAAGGTGAATATGTGAGACAATGGCTA
EST: CAGGAGGCTTACCAGATGGCCATGAGCTTGAGCGCTTGGACAATCCGGAG ATTCAAGGGGTTAAATTTGATCCACAAGGTGAATATGTGAGACAATGGCTAEST: gi|192301002|gb|FG990102.1|FG990102
genomic: CAGGAGGCTTACCAGATGGCCATGAGCTTGAGCGCTTGGACAATCCGGAGgtttgtcatg ... ttggtgacagATTCAAGGGGTTAAATTTGATCCAGAAGGTGAATATGTGAGACAATGGCTA
EST: CAGGAGGCTTACCAGATGGCCATGAGCTTGAGCGCTTGGACAATCCGGAG ATTCAAGGGGTTAAATTTGATCCAGAAGGTGAATATGTGAGACAATGGCTAEST: gi|208169039|gb|GD966188.1|GD966188
genomic: CAGGAGGCTTACCAGATGGCCATGAGCTTGAGCGCTTGGACAATCCGGAGgtttgtcatg ... ttggtgacagATTCAAGGGGTTAAATTTGATCCAGAAGGTGAATATGTGAGACAATGGCTA
EST: CAGGAGGCTTACCAGATGGCCATGAGCTTGAGCGCTTGGACAATCCGGAG ATTCAAGGGGTTAAATTTGATCCAGAAGGTGAATATGTGAGACAATGGCTA
genomic: CAGGAGGCTTACCAGATGGCCATGAGCTTGAGCGCTTGGACAATCCGGAGgtttgtcatg ... ttggtgacagATTCAAGGGGTTAAATTTGATCCAGAAGGTGAATATGTGAGACAATGGCTA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ACTTCTTGATGCTGACCTTGAAAGTGATATCTTGGGTTGGCAGTATATCTCAGGAGGCTTACCAGATGGCCATGAGCTTGAGCGCTTGGACAATCCGGAGgtttgtcatgttttccttcattcaaaggatttacagtttgcttggtatcactcagatgtgattattttatattccctagtttaattaatttaaatttctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT