1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ttttataattattatgattattattattatttgacacaatttttttttttttacttttatatctttggtgtgctactaataaatacgaatttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACATTACTCACGGAAAGAAAATGGTGCCATATTTAAATACTGCAGTTTGTT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G35220.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|193645940|gb|FK593897.1|FK593897
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCEST: gi|214005959|gb|DB986562.1|DB986562
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTC
EST: CATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|208293559|gb|GE093491.1|GE093491
genomic: CATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTEST: gi|19054017|gb|BM732684.1|BM732684
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTT
EST: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|207790051|gb|GD761314.1|GD761314
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|26058574|gb|CA801488.1|CA801488
genomic: GATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|254334837|gb|GR844622.1|GR844622
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|254332366|gb|GR846411.1|GR846411
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|209724665|gb|BW677745.1|BW677745
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|208053636|gb|GD852681.1|GD852681
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|208189421|gb|GD985673.1|GD985673
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|254328468|gb|GR835433.1|GR835433
genomic: GATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|193605103|gb|FK556417.1|FK556417
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCTGTAGTAGCTACEST: gi|8404031|gb|BE059665.1|BE059665
genomic: GGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGEST: gi|22929413|gb|BU546552.1|BU546552
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGG
EST: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|208291745|gb|GE091971.1|GE091971
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: ATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|213603035|gb|DB980959.1|DB980959
genomic: ATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|193316487|gb|FK278969.1|FK278969
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|20813587|gb|BQ298065.1|BQ298065
genomic: GGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|208318678|gb|GE111145.1|GE111145
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGEST: gi|208227836|gb|GE027820.1|GE027820
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTG
EST: GATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|192300359|gb|FG987876.1|FG987876
genomic: GATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|254343848|gb|GR857604.1|GR857604
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|254332365|gb|GR846410.1|GR846410
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|209718152|gb|BW677423.1|BW677423
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|15815699|gb|BI787974.1|BI787974
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|10709079|gb|BF008803.1|BF008803
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|208261178|gb|GE058632.1|GE058632
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACEST: gi|151398142|gb|EV268020.1|EV268020
genomic: GGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
EST: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG GAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
genomic: GTGGCCATGGCAAGATCAGACTGACATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtatat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTAC
tttttttacttttatatctttggtgtgctactaataaatacgaatttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACATTACTCACGGAAAGAAAATGGTGCCATATTTAAATACTGCAGTTTGTT
tactaat putative branch site (score: 1)
ttacttttatatcttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttttataattattatgattattattattatttgacacaatttttttttttttacttttatatctttggtgtgctactaataaatacgaatttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTAATGTTGTTCTTGTTGATAAAACCAGTAGCAGCTACATTACTCACGGAAAGAAAATGGTGCCATATTTAAATACTGCAGTTTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - -tgacaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctact