Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gttgaccttttgttgtcgagtgatgcttggttaagcctaaaatgtatgacaatatgaatacttactattatttgatggactaatacttttcttatggcagACAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATCGGTGGTAACATATCG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G34980.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G34980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv05s0049g01330.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gttgaccttttgttgtcgagtgatgcttggttaagcctaaaatgtatgacaatatgaatacttac-tattatttgatggact----aatacttttcttatggcagACAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATCGGTGGTAACATATCG
| || | || | |||| || || || | || ||| | || | | ||| | | | || | ||| | || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| || |||
--cattatgttcatttctacctgtgctc---tatatacaatttgagttcttatttgagtcctagcgtgttaatgggttgatttttcaattatatttttatggcagATAAGTTTGGAGCTGCTATGGCACTTGTAAAATCTGATATTGGTGGTAATATCTCG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9898873|gb|BE607841.1|BE607841
EST:     TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTGCCTGTTATAG                         ACAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATCGGTGGTAACA
genomic: TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTGCCTGTTATAGgtacaagatc ... cttatggcagACAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATCGGTGGTAACA
EST: gi|58015415|gb|CX702157.1|CX702157
EST:     TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAATCATATACTGCCTGTTATAG                         ACAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATCGGTGGTAACA
genomic: TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTGCCTGTTATAGgtacaagatc ... cttatggcagACAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATCGGTGGTAACA
EST: gi|192304253|gb|FG993537.1|FG993537
EST:     TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTGCCTGTTATAG                         ACAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATCGGTGGTAACG
genomic: TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTGCCTGTTATAGgtacaagatc ... cttatggcagACAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATCGGTGGTAACA
EST: gi|58015688|gb|CX702430.1|CX702430
EST:     TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAATCATATACTGCCTGTTATAG                         ACAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATCGGTGGTAACA
genomic: TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTGCCTGTTATAGgtacaagatc ... cttatggcagACAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATCGGTGGTAACA
EST: gi|151400774|gb|EV270588.1|EV270588
EST:     TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTGCCCGTTATAG                         ACAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATCGGTGGTAACA
genomic: TTTGACCCAGCCTTTCTTGGATGCTTGCAAGCATATACTGCCTGTTATAGgtacaagatc ... cttatggcagACAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATCGGTGGTAACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgacaatatgaatacttactattatttgatggactaatacttttcttatggcagACAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATCGGTGGTAACATATCG
                                      tacttttctt  CT-rich tract
 aatatgaatacttact  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttgaccttttgttgtcgagtgatgcttggttaagcctaaaatgtatgacaatatgaatacttactattatttgatggactaatacttttcttatggcagACAAGTTTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATCGGTGGTAACATATCG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT