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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTGCGGGTAAAAATGAGGAAGAGGAGTTCAACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAGgtatgttcatttttataatatatactattttttatggtttctgaggcaggctcagaggttttttttttaattcaacatttaacttatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G34630.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10256066|gb|BE823832.1|BE823832
EST:     ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAG                         GTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
genomic: ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAGgtatgttcat ... acttatgcagGTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
EST: gi|38193466|gb|CF922672.1|CF922672
EST:     ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAG                         GTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
genomic: ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAGgtatgttcat ... acttatgcagGTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
EST: gi|193716579|gb|FK653241.1|FK653241
EST:     ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAG                         GTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGG
genomic: ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAGgtatgttcat ... acttatgcagGTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGG
EST: gi|192329387|gb|FK022163.1|FK022163
EST:     ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAG                         GTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
genomic: ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAGgtatgttcat ... acttatgcagGTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
EST: gi|6666781|gb|AW278240.1|AW278240
EST:     ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAG                         GTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
genomic: ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAGgtatgttcat ... acttatgcagGTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
EST: gi|7795563|gb|AW780960.1|AW780960
EST:     ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAG                         GTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
genomic: ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAGgtatgttcat ... acttatgcagGTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
EST: gi|298185211|gb|HO030424.1|HO030424
EST:     ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAG                         GTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
genomic: ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAGgtatgttcat ... acttatgcagGTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
EST: gi|6072473|gb|AW101860.1|AW101860
EST:     ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAG                         GTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
genomic: ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAGgtatgttcat ... acttatgcagGTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
EST: gi|6719922|gb|AW307569.1|AW307569
EST:     ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAG                         GTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
genomic: ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAGgtatgttcat ... acttatgcagGTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
EST: gi|27424466|gb|CA935986.1|CA935986
EST:     ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAG                         GTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
genomic: ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAGgtatgttcat ... acttatgcagGTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
EST: gi|12689982|gb|BG156318.1|BG156318
EST:     ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAG                         GTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
genomic: ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAGgtatgttcat ... acttatgcagGTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
EST: gi|193560408|gb|FK519729.1|FK519729
EST:     ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAG                         GTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTC
genomic: ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAGgtatgttcat ... acttatgcagGTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTC
EST: gi|208337439|gb|GE133463.1|GE133463
EST:     ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAG                         GTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGGC
genomic: ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAGgtatgttcat ... acttatgcagGTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGG-C
EST: gi|15200676|gb|BI424472.1|BI424472
EST:     ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAG                         GTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
genomic: ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAGgtatgttcat ... acttatgcagGTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
EST: gi|15200738|gb|BI424505.1|BI424505
EST:     ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAG                         GTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
genomic: ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAGgtatgttcat ... acttatgcagGTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
EST: gi|208214400|gb|GE012829.1|GE012829
EST:     ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAG                         GTACTGATAAATCGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
genomic: ACACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAATAATACTCAGgtatgttcat ... acttatgcagGTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
EST: gi|151411472|gb|EV281283.1|EV281283
EST:     CACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTTAAAAAATAATACTCAG                         GTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAGAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT
genomic: CACCGGACCACTATCTGTACTCATGATGAGTGTT-AAAAATAATACTCAGgtatgttcat ... acttatgcagGTACTGATAAATTGTCGGAACAACAAAAAGCTTCTGGGTCGTGTAAGGGCT