Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactaagtttttttagtgtaatgagtctaacatttttattcaatgtgatatgtatatgtattatgctcatacatcttcattttcttatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGTGCTGTTGCTAAGAAAATCCTTAAAGAATTTTCTGGAACTGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G31980.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G31980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv13s0019g04190.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
-----------------------------gtactaagtttttttagtgtaatgagtctaacatttttattcaatgtgatatgtatatgtattatgctcatacatcttcattttcttatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGTGCTGTTGCTAAGAAAATCCTTAAAGAATTTTCTGGAACTGAG
                               | || |     |      ||  |   | | | ||| | |  ||||  | ||||  | |||  |  |   |||  ||   |     |   |  ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || |||||  |||| ||||||||||| ||||| || ||| | |||||||||||||||
gtaatgtattttgggctcacattgtaatgacattatgggaactggaaaaaaacaaaatgagaatttgacttcatgtagtttgtagttttatggttgttccacaatttggatg----aaaatgtagGGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGAGCTGTTGCTAAAAAAATACTCAAAAATTTTTCTGGAACTGAG

upper sequence: GLYMA20G31980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv06s0004g02960.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
gtactaagtttttttagtgtaatgagtctaacatttttattcaatgtgatatgtatatgtattatgctcatacatcttcattttcttatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGTGCTGTTGCTAAGAAAATCCTTAAAGAATTTTCTGGAACTGAG
|||  | | || ||       |  |   | ||||||   |  |     || |   |   | | ||| | |||  |  |||  |    ||||   |||| ||||| || ||||| || |||||||| |||| ||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||| ||  |||||||||| || |||
gtaaaagggttctt-------agaaaattcacatttgcctaaatctccatcttcttggatgt-atgattatat-ttgtcaactgggaatgt---agGGCGGTGGAAGGTCTTCAGCGAGAGAAACCATTGCAAGAGTTGCTGCTGGAGCTGTAGCAAAGAAAATCCTCAAGAAATTTTCTGGGACGGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37994824|gb|CF806413.1|CF806413
EST:     CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTTCAG                         GGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGT
genomic: CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTTCAGgtactaagtt ... tatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGT
EST: gi|254322919|gb|GR835634.1|GR835634
EST:     CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTTCAG                         GGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGT
genomic: CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTTCAGgtactaagtt ... tatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGT
EST: gi|16346555|gb|BI972150.1|BI972150
EST:     CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTTCAG                         GGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGT
genomic: CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTTCAGgtactaagtt ... tatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGT
EST: gi|120533980|gb|EH262113.1|EH262113
EST:     CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTTCAG                         GGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGT
genomic: CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTTCAGgtactaagtt ... tatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGT
EST: gi|19934393|gb|BQ079423.1|BQ079423
EST:     CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTTCAG                         GGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGT
genomic: CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTTCAGgtactaagtt ... tatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGT
EST: gi|254316986|gb|GR828523.1|GR828523
EST:     CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTTCAG                         GGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGT
genomic: CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTTCAGgtactaagtt ... tatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGT
EST: gi|192325343|gb|FK017144.1|FK017144
EST:     CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTTCAG                         GGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGT
genomic: CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTTCAGgtactaagtt ... tatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGT
EST: gi|298181206|gb|HO022645.1|HO022645
EST:     CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTTCAG                         GGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAG
genomic: CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTTCAGgtactaagtt ... tatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAG
EST: gi|192296954|gb|FG991950.1|FG991950
EST:     CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTTCAG                         GGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGT
genomic: CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTTCAGgtactaagtt ... tatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGT
EST: gi|254340228|gb|GR858353.1|GR858353
EST:     CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTTCAG                         GGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGT
genomic: CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTTCAGgtactaagtt ... tatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGT
EST: gi|21286048|gb|BQ473919.1|BQ473919
EST:     CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTTCAG                         GGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAA
genomic: CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTTCAGgtactaagtt ... tatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caatgtgatatgtatatgtattatgctcatacatcttcattttcttatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGTGCTGTTGCTAAGAAAATCCTTAAAGAATTTTCTGGAACTGAG
                               catcttcattttctt  CT-rich tract
       atatgtatatgtatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtactaagtttttttagtgtaatgagtctaacatttttattcaatgtgatatgtatatgtattatgctcatacatcttcattttcttatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGTGCTGTTGCTAAGAAAATCCTTAAAGAATTTTCTGGAACTGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA