Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGAAGCAAAAGACTGTGACTCGAGATAAAAAAGAAACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataaccctgccttgttttagagtgctgtttgaattatccctcagttcaattttttttttcaaaattgtttgatctaataattcatctaagtttctc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G31980.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G31980.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
lower sequence: Vv13s0019g04190.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
AAGAAGCAAAAGACTGTGACTCGAGATAAAAAAGAAACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataaccctgccttg-ttttagagtgctgtttgaattatccctca-gttcaatt--ttttttttcaaaattgtttgatctaataattcatctaagtttctc
||||| ||  | ||||| ||| |||||||| |||| |||||| | ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||  |  |       || || |       |   |||    |||     |||  |||  ||||   |    | || |     | ||  || ||| | |||    
AAGAAACAGCACACTGTTACTAGAGATAAACAAGAGACAGAGCTAATAGCTCGTGGCCGCCATGATCCATGTGTTGTTCCACGAGgtttgtttctaaatgatgattcttatccattaactgagccttcctctgtgtttgattagttttcacttgttaatgatgccctttattttttatccatgtt----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58017502|gb|CX704244.1|CX704244
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAAGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataacc ... atgtttgcagCTGTACCTATGGTAGAAGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|19052637|gb|BM731304.1|BM731304
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAAGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataacc ... atgtttgcagCTGTACCTATGGTAGAAGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|6668053|gb|AW279504.1|AW279504
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAAGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataacc ... atgtttgcagCTGTACCTATGGTAGAAGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|10254908|gb|BE822674.1|BE822674
EST:     NNNAGAGTTTATAGCCCGTGGTNNNCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAANNAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataacc ... atgtttgcagCTGTACCTATGGTAGAAGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|254340229|gb|GR858354.1|GR858354
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAAGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataacc ... atgtttgcagCTGTACCTATGGTAGAAGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|22524193|gb|BU083004.1|BU083004
EST:     CTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAAGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: CTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataacc ... atgtttgcagCTGTACCTATGGTAGAAGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|193731825|gb|FK664027.1|FK664027
EST:     TGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAANCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: TGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataacc ... atgtttgcagCTGTACCTATGGTAGAAGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|22929342|gb|BU546481.1|BU546481
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAAGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataacc ... atgtttgcagCTGTACCTATGGTAGAAGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|14205941|gb|BG839619.1|BG839619
EST:     GTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAAGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: GTTGTCCCAAGAGgttaataacc ... atgtttgcagCTGTACCTATGGTAGAAGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAGAAGCAAAAGACTGTGACTCGAGATAAAAAAGAAACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataaccctgccttgttttagagtgctgtttgaattatccctcagttcaattttttttttcaaaattgtttgatctaataattcatctaagtttctc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccctgcc