Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CACTGATGCAGTGGTTCCAGTGACTGCTACTCGATATTCAATTGATGCCTTGAAGCTACCTACCATCATCAATTGGTACCCTTGGTATGATAATGGCAAGgttggtgcaacttttatgaataacaaacaactggtctcaacagacactaaaattgtgtaaattctgtgataatttatttttctgtcatcctattacatgttagttaagaattttctcttattatgtgaag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G31890.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10253965|gb|BE821675.1|BE821675
EST:     TGAAGCTACCTACCATCATCAATTGGTACCCTTGGTATGATAATGGCAAG                         GTTGGTGGGTGGAGTCAAGTTTATAAAGGGTTAACATTGGTTACAGTAAGA
genomic: TGAAGCTACCTACCATCATCAATTGGTACCCTTGGTATGATAATGGCAAGgttggtgcaa ... ttatgtgaagGTTGGTGGGTGGAGTCAAGTTTATAAAGGGTTAACATTGGTTACAGTAAGA
EST: gi|13181042|gb|BG352382.1|BG352382
EST:     GAAGCTACCTACCATCATCAATTGGTAACCCTTGGTATGATAATGGCAAG                         GTTGGTGGGTGGAGTCAAGTTTATAAAGGGTTAACATTGGTTACAGTAAGA
genomic: GAAGCTACCTACCATCATCAATTGGT-ACCCTTGGTATGATAATGGCAAGgttggtgcaa ... ttatgtgaagGTTGGTGGGTGGAGTCAAGTTTATAAAGGGTTAACATTGGTTACAGTAAGA
EST: gi|58022431|gb|CX709172.1|CX709172
EST:     TGAAGCTACCTACCATCATCAATTGGTACCCTTGGTATGATAATGGCAAG                         GTTGGTGGGTGGAGTCAAGTTTATAAAGGGTTAACATTGGTTACAGTAAGA
genomic: TGAAGCTACCTACCATCATCAATTGGTACCCTTGGTATGATAATGGCAAGgttggtgcaa ... ttatgtgaagGTTGGTGGGTGGAGTCAAGTTTATAAAGGGTTAACATTGGTTACAGTAAGA
EST: gi|58022161|gb|CX708902.1|CX708902
EST:     TGAAGCTACCTACCATCATCAATTGGTACCCTTGGTATGATAATGGCAAG                         GTTGGTGGGTGGAGTCAAGTTTATAAAGGGTTAACATTGGTTACAGTAAGA
genomic: TGAAGCTACCTACCATCATCAATTGGTACCCTTGGTATGATAATGGCAAGgttggtgcaa ... ttatgtgaagGTTGGTGGGTGGAGTCAAGTTTATAAAGGGTTAACATTGGTTACAGTAAGA
EST: gi|15661803|gb|BI699174.1|BI699174
EST:     TGAAGCTACCTACCATCATCAATTGGTACCCTTGGTATGATAATGGCAAG                         GTTGGTGGGTGGAGTCAAGTTTATAAAGGGTTAACATTGGTTACAGTAAGA
genomic: TGAAGCTACCTACCATCATCAATTGGTACCCTTGGTATGATAATGGCAAGgttggtgcaa ... ttatgtgaagGTTGGTGGGTGGAGTCAAGTTTATAAAGGGTTAACATTGGTTACAGTAAGA
EST: gi|209709332|gb|BW680997.1|BW680997
EST:     TGAAGCTACCTACCATCATCAATTGGTACCCTTGGTATGATAATGGCAAG                         GTTGGTGGGTGGAGTCAAGTTTATAAAGGGTTAACATTGGTTACAGTAAGA
genomic: TGAAGCTACCTACCATCATCAATTGGTACCCTTGGTATGATAATGGCAAGgttggtgcaa ... ttatgtgaagGTTGGTGGGTGGAGTCAAGTTTATAAAGGGTTAACATTGGTTACAGTAAGA
EST: gi|209715071|gb|BW677114.1|BW677114
EST:     TGAAGCTACCTACCATCATCAATTGGTACCCTTGGTATGATAATGGCAAG                         GTTGGTGGGTGGAGTCAAGTTTATAAAGGGTTAACATTGGTTACAGTAAGA
genomic: TGAAGCTACCTACCATCATCAATTGGTACCCTTGGTATGATAATGGCAAGgttggtgcaa ... ttatgtgaagGTTGGTGGGTGGAGTCAAGTTTATAAAGGGTTAACATTGGTTACAGTAAGA
EST: gi|5057834|gb|AI736310.1|AI736310
EST:     TGAAGCTACCTACCATCATCAATTGGTACCCTTGGTATGATAATGGCAAG                         GTTGGTGGGTGGAGTCAAGTTTATAAAGGGTTAACATTGGTTACAGTAAGA
genomic: TGAAGCTACCTACCATCATCAATTGGTACCCTTGGTATGATAATGGCAAGgttggtgcaa ... ttatgtgaagGTTGGTGGGTGGAGTCAAGTTTATAAAGGGTTAACATTGGTTACAGTAAGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CACTGATGCAGTGGTTCCAGTGACTGCTACTCGATATTCAATTGATGCCTTGAAGCTACCTACCATCATCAATTGGTACCCTTGGTATGATAATGGCAAGgttggtgcaacttttatgaataacaaacaactggtctcaacagacactaaaattgtgtaaattctgtgataatttatttttctgtcatcctattacatgttagttaagaattttctcttattatgtgaag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC