1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtattatttatatgcaattttttttatgttttcttgagtttgaggcctattctattattttattataagtttgattcaaaatatgtttcttaacagTGATATTGTTGGGAACTATTGGACTGATTCTCCATTGTCTATGCTTCCTATATATCAAGAACTTATTAGTGCTGGTCTCCGAATATGGGTCTACAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G31890.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: NNACTTCATGCCAATGTTACTGNNANNNNNNATGCATGGAAAGCATGCAG TGATATTGTTGGGAACTATTNGACTGATTCTCCATTGTCTATGCTTCCTATEST: gi|58022431|gb|CX709172.1|CX709172
genomic: GCACTTCATGCCAATGTTACTGGGATTCCTTATGCATGGAAAGCATGCAGgtattattta ... ttcttaacagTGATATTGTTGGGAACTATTGGACTGATTCTCCATTGTCTATGCTTCCTAT
EST: GCACTTCATGCCAATGTTACTGGGATTCCTTATGCATGGAAAGCATGCAG TGATATTGTTGGGAACTATTGGACTGATTCTCCATTGTCTATGCTTCCTATEST: gi|58022161|gb|CX708902.1|CX708902
genomic: GCACTTCATGCCAATGTTACTGGGATTCCTTATGCATGGAAAGCATGCAGgtattattta ... ttcttaacagTGATATTGTTGGGAACTATTGGACTGATTCTCCATTGTCTATGCTTCCTAT
EST: GCACTTCATGCCAATGTTACTGGGATTCCTTATGCATGGAAAGCATGCAG TGATATTGTTGGGAACTATTGGACTGATTCTCCATTGTCTATGCTTCCTATEST: gi|8827497|gb|BE211227.1|BE211227
genomic: GCACTTCATGCCAATGTTACTGGGATTCCTTATGCATGGAAAGCATGCAGgtattattta ... ttcttaacagTGATATTGTTGGGAACTATTGGACTGATTCTCCATTGTCTATGCTTCCTAT
EST: GCACTTCATGCCAATGTTACTGGGATTCCTTATGCATGGAAAGCATGCAG TGATATTGTTGGGAACTATTGGACTGATTCTCCATTGTCTATGCTTCCEST: gi|15661803|gb|BI699174.1|BI699174
genomic: GCACTTCATGCCAATGTTACTGGGATTCCTTATGCATGGAAAGCATGCAGgtattattta ... ttcttaacagTGATATTGTTGGGAACTATTGGACTGATTCTCCATTGTCTATGCTTCC
EST: GGATTCCTTATGCATGGAAAGCATGCAG TGATATTGTTGGGAACTATTGGACTGATTCTCCATTGTCTATGCTTCCTATEST: gi|5057834|gb|AI736310.1|AI736310
genomic: GGATTCCTTATGCATGGAAAGCATGCAGgtattattta ... ttcttaacagTGATATTGTTGGGAACTATTGGACTGATTCTCCATTGTCTATGCTTCCTAT
EST: GCACTTCATGCCAATGTTACTGGGATTCCTTATGCATGGAAAGCATGCAG TGATATTGTTGGGAACTATTGGACTGATTCTCCATTGTCTATGCTTCCTATEST: gi|5753586|gb|AI960873.1|AI960873
genomic: GCACTTCATGCCAATGTTACTGGGATTCCTTATGCATGGAAAGCATGCAGgtattattta ... ttcttaacagTGATATTGTTGGGAACTATTGGACTGATTCTCCATTGTCTATGCTTCCTAT
EST: GCACTTCATGCCAATGTTACTGGGATTCCTTATGCATGGAAAGCATGCAG TGATATTGTTGGGAACTAT
genomic: GCACTTCATGCCAATGTTACTGGGATTCCTTATGCATGGAAAGCATGCAGgtattattta ... ttcttaacagTGATATTGTTGGGAACTAT
gaggcctattctattattttattataagtttgattcaaaatatgtttcttaacagTGATATTGTTGGGAACTATTGGACTGATTCTCCATTGTCTATGCTTCCTATATATCAAGAACTTATTAGTGCTGGTCTCCGAATATGGGTCTACAG
gtttgat putative branch site (score: 5)
tgtttctt putative PPT
tattctattattttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtattatttatatgcaattttttttatgttttcttgagtttgaggcctattctattattttattataagtttgattcaaaatatgtttcttaacagTGATATTGTTGGGAACTATTGGACTGATTCTCCATTGTCTATGCTTCCTATATATCAAGAACTTATTAGTGCTGGTCTCCGAATATGGGTCTACAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC