Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttgggtttagttaatcttatacccaatagcatgcttttccagaaaaaagaaattaaagaaaataaaagatagcaaaaggacataaaggtgtcagagcacataaagttgcagttataaatcagcttttgtttaattgtcagGTAGTTTAGAGCGTATTGGGTTCGAACTTGGCCAACATAGAACAGATGAAGAGGGCTCCCAGTTACCAAATGGATATACACATGAATTGGAAAATGCACC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G31490.2
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17023282|gb|BM094316.1|BM094316
EST:     TCAAGAATCTGTCAGACTTGCATTTTTAAATTGCTTCCTGGATTTTGCTG                         GTAGTTTAGAGCGTATTGGGTTCGAACTTGGCCAACATAGAACAGATGAAG
genomic: TCAAGAATCTGTCAGACTTGCATTTTTAAATTGCTTCCTGGATTTTGCTGgtatgttggg ... taattgtcagGTAGTTTAGAGCGTATTGGGTTCGAACTTGGCCAACATAGAACAGATGAAG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aggtgtcagagcacataaagttgcagttataaatcagcttttgtttaattgtcagGTAGTTTAGAGCGTATTGGGTTCGAACTTGGCCAACATAGAACAGATGAAGAGGGCTCCCAGTTACCAAATGGATATACACATGAATTGGAAAATGCACC
                                          gtttaat  putative branch site (score: 4)
                                     cttttgttt  CT-rich tract
                                      ttttgtttaattgt  TA-rich tract