1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...gacaaaatgcttggtttcttgaagctgctttaataatttccgtgtttttgtatgaagaataaaatgggtttctcttcaaattcttgctcgtattttgcagGTTCAACTCAAAAGCCTGAAGATATGTACAGGATCATTGAGCACTTTGCCCTTGGAAGGAGGAGACTAGAACTATTTGGTGAAGACCACAATATCCGAGC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G30130.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCATGCCAATATTGACACGGATGTCATTATCGCTGAAGAACCTCCTTATG GTTCAACTCAAAAGCCTGAAGATATGTACAGGATCATTGAGCACTTTGCCCEST: gi|7926223|gb|AW832249.1|AW832249
genomic: TCATGCCAATATTGACACGGATGTCATTATCGCTGAAGAACCTCCTTATGgttagtatta ... tattttgcagGTTCAACTCAAAAGCCTGAAGATATGTACAGGATCATTGAGCACTTTGCCC
EST: TCATGCCAATATTGACACGGATGTCATTATCGCTGAAGAACCTCCTTATG GTTCAACTCAAAAGCCTGAAGATATGTACAGGATCATTGAGCACTTTGCCCEST: gi|10234239|gb|BE803127.1|BE803127
genomic: TCATGCCAATATTGACACGGATGTCATTATCGCTGAAGAACCTCCTTATGgttagtatta ... tattttgcagGTTCAACTCAAAAGCCTGAAGATATGTACAGGATCATTGAGCACTTTGCCC
EST: TCATGCCAATATTGACACGGATGTCATTATCGCTGAAGAACCTCCTTATG GTTCAACTCAAAAGCCTGAAGATATGTACAGGATCATTGAGCACTTTGCCC
genomic: TCATGCCAATATTGACACGGATGTCATTATCGCTGAAGAACCTCCTTATGgttagtatta ... tattttgcagGTTCAACTCAAAAGCCTGAAGATATGTACAGGATCATTGAGCACTTTGCCC
ttttgtatgaagaataaaatgggtttctcttcaaattcttgctcgtattttgcagGTTCAACTCAAAAGCCTGAAGATATGTACAGGATCATTGAGCACTTTGCCCTTGGAAGGAGGAGACTAGAACTATTTGGTGAAGACCACAATATCCGAGC
tatgaagaataaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gacaaaatgcttggtttcttgaagctgctttaataatttccgtgtttttgtatgaagaataaaatgggtttctcttcaaattcttgctcgtattttgcagGTTCAACTCAAAAGCCTGAAGATATGTACAGGATCATTGAGCACTTTGCCCTTGGAAGGAGGAGACTAGAACTATTTGGTGAAGACCACAATATCCGAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - -tgcttgg
- - - - - - - - - - -aagctgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttccgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aataaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttcttgc