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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTTTTCCTTGTTCATTTATCTGAGAGGGAATACTTTGCAGTGCCCAAAAATTTAAAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAGgtatggcacttaatatggttcttttactgggttgtgtaatgaactctttataatgtgaagaattgaaatggttaattggttttcagtaattgtttaatggaaaaacatgtgtatgaactgaagctgtcaatcaatatatgttgtacttttattccatgtcatatgaaatttgagtatcgtttgtttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G29700.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151397058|gb|EV266931.1|EV266931
EST:     ATTTAAAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAG                         AGATACGGGCCAGTTATATCCACCATTCCTCAGCAGCTATCCAGATTCCAG
genomic: ATTTAAAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAGgtatggcact ... ttgtttgcagAGATACGGGCCAGTTATATCCACCATTCCTCAGCAGCTATCCAGATTCCAG
EST: gi|31307169|gb|CD392372.1|CD392372
EST:     ATTTAAAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAG                         AGATACGGGCCAGTTATATCCACCATTCCTCAGCAGCTATCCAGATTCCAG
genomic: ATTTAAAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAGgtatggcact ... ttgtttgcagAGATACGGGCCAGTTATATCCACCATTCCTCAGCAGCTATCCAGATTCCAG
EST: gi|13790631|gb|BG653222.1|BG653222
EST:     ATTTAAAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAG                         AGATACGGGCCAGTTATATCCACCATTCCTCAGCAGCTATCCAGATTCCAG
genomic: ATTTAAAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAGgtatggcact ... ttgtttgcagAGATACGGGCCAGTTATATCCACCATTCCTCAGCAGCTATCCAGATTCCAG
EST: gi|6725513|gb|AW309912.1|AW309912
EST:     ATTTACAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAG                         AGATACGGGCCAGTTATATCCACCATTCCTCAGCAGCTATCCAGATTCCAG
genomic: ATTTAAAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAGgtatggcact ... ttgtttgcagAGATACGGGCCAGTTATATCCACCATTCCTCAGCAGCTATCCAGATTCCAG
EST: gi|209717384|gb|BW659060.1|BW659060
EST:     ATTTAAAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAG                         AGATACGGGCCAGTTATATCCACCATTCCTCAGCAGCTATCCAGATTCCAG
genomic: ATTTAAAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAGgtatggcact ... ttgtttgcagAGATACGGGCCAGTTATATCCACCATTCCTCAGCAGCTATCCAGATTCCAG
EST: gi|6951737|gb|AW423805.1|AW423805
EST:     ATTTAAAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAG                         AGATACGGGCCAGTTATATCCACCATTCCTCAGCAGCTATCCAGATTCCAG
genomic: ATTTAAAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAGgtatggcact ... ttgtttgcagAGATACGGGCCAGTTATATCCACCATTCCTCAGCAGCTATCCAGATTCCAG
EST: gi|9820239|gb|BE555749.1|BE555749
EST:     ATTTAAAACTTCTTGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGATAATGTTCAG                         AGATACGGGCCAGTTATATCCACTATTCCTCAGCAGCTATCCAGATTCC
genomic: ATTTAAAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAGgtatggcact ... ttgtttgcagAGATACGGGCCAGTTATATCCACCATTCCTCAGCAGCTATCCAGATTCC
EST: gi|192324565|gb|FK016456.1|FK016456
EST:     ATTTAAAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAG                         AGATACGGGCCAGTTATATCCACCATTCCTCAGCAGCTATCCAGATTCCAG
genomic: ATTTAAAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAGgtatggcact ... ttgtttgcagAGATACGGGCCAGTTATATCCACCATTCCTCAGCAGCTATCCAGATTCCAG
EST: gi|151401044|gb|EV270858.1|EV270858
EST:     ATTTAAAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAG                         AGATACGGACCAGTTATATCCACCATTCCTCAGCAGCTATCCAGATTCCAG
genomic: ATTTAAAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAGgtatggcact ... ttgtttgcagAGATACGGGCCAGTTATATCCACCATTCCTCAGCAGCTATCCAGATTCCAG
EST: gi|21257121|gb|BQ454009.1|BQ454009
EST:     ATTTAAAACTTCTTGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGATAATGTTCAG                         AGATACGGGCCAGTTATATCCACTATTCCTCAGCAGCTAT
genomic: ATTTAAAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAGgtatggcact ... ttgtttgcagAGATACGGGCCAGTTATATCCACCATTCCTCAGCAGCTAT
EST: gi|58021934|gb|CX708675.1|CX708675
EST:     ATTTAAAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAG                         AGATACGGGCCAGTTATATCCACCATTCCTCAGCAGCTATCCAGATTCCAG
genomic: ATTTAAAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAGgtatggcact ... ttgtttgcagAGATACGGGCCAGTTATATCCACCATTCCTCAGCAGCTATCCAGATTCCAG
EST: gi|192301040|gb|FG988925.1|FG988925
EST:     ATTTAAAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAG                         AGATACGGGCCAGTTATATCCACCATTCCTCAGCAGCTGTCCAGATTCCAG
genomic: ATTTAAAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAGgtatggcact ... ttgtttgcagAGATACGGGCCAGTTATATCCACCATTCCTCAGCAGCTATCCAGATTCCAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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GCTTTTCCTTGTTCATTTATCTGAGAGGGAATACTTTGCAGTGCCCAAAAATTTAAAACTACTAGCTGTTCCATTGTTTGAACTCTATGACAATGTTCAGgtatggcacttaatatggttcttttactgggttgtgtaatgaactctttataatgtgaagaattgaaatggttaattggttttcagtaattgtttaatggaaaaacatgtgtatgaactgaagctgtcaatcaatatatgttgtacttttattccatgtcatatgaaatttgagtatcgtttgtttgcag

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