Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgttcaggacttgtgagcttcagattctgcttattgattatctaacatgttgtctttctggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G29520.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G29520.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv12s0028g01210.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
---gtttgttcaggacttgtgagcttcagattctgctta---------ttgattatctaacatgttgtctttctggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGAG
    | | ||| | || | | |   | |  | ||| | |         |||||    ||| |  || || |   |  ||  ||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||
gttttattttcggaacctatcaatctaaagtcctgttgacctaggtggttgatgccataataatttttcatgtggattgagcagCATGAATGCGCCTGTGATGGTTGAGTTGGAGGGTGAGACTGACCCACTTGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298165231|gb|HO011280.1|HO011280
EST:     ACTAAGTATGAGCGCGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|7685783|gb|AW756431.1|AW756431
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|38191064|gb|CF920270.1|CF920270
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298192991|gb|HO033436.1|HO033436
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|254336740|gb|GR842919.1|GR842919
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|207698395|gb|GD681362.1|GD681362
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298173744|gb|HO017080.1|HO017080
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|38191210|gb|CF920416.1|CF920416
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|58022483|gb|CX709224.1|CX709224
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298172249|gb|HO021841.1|HO021841
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|192330280|gb|FK020565.1|FK020565
EST:     ACTAAGTATGAGCCTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|208225537|gb|GE027132.1|GE027132
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGT
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGT
EST: gi|298192831|gb|HO033265.1|HO033265
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|254349274|gb|GR860072.1|GR860072
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298187281|gb|HO034430.1|HO034430
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|33390389|gb|CA853584.1|CA853584
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298180267|gb|HO025482.1|HO025482
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|4292073|gb|AI437710.1|AI437710
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGG-AACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|18041372|gb|BM309666.1|BM309666
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298176538|gb|HO023125.1|HO023125
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|7030218|gb|AW460001.1|AW460001
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|22525102|gb|BU083913.1|BU083913
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|26059945|gb|CA802859.1|CA802859
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298189619|gb|HO038022.1|HO038022
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298183161|gb|HO028424.1|HO028424
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298195170|gb|HO043698.1|HO043698
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298191022|gb|HO038501.1|HO038501
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298170215|gb|HO018839.1|HO018839
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|207754971|gb|GD727382.1|GD727382
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|7028475|gb|AW458258.1|AW458258
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|5058436|gb|AI736968.1|AI736968
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTNTGGGCA-CCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACT-ACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|208304736|gb|GE106119.1|GE106119
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGCGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|208170776|gb|GD970109.1|GD970109
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298188651|gb|HO035344.1|HO035344
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|207783421|gb|GD758809.1|GD758809
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298172659|gb|HO019699.1|HO019699
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCCAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298180194|gb|HO025409.1|HO025409
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298191930|gb|HO036012.1|HO036012
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|33390640|gb|CA853835.1|CA853835
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|209698191|gb|BW667522.1|BW667522
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|254344406|gb|GR855384.1|GR855384
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298184470|gb|HO029683.1|HO029683
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298177192|gb|HO023439.1|HO023439
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCAAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298166756|gb|HO010195.1|HO010195
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298171230|gb|HO016262.1|HO016262
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGATCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298176336|gb|HO023037.1|HO023037
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGG
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|254344407|gb|GR855385.1|GR855385
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|209698192|gb|BW667523.1|BW667523
EST:     TAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTGGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: TAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298170941|gb|HO015917.1|HO015917
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCTGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|208292814|gb|GE095602.1|GE095602
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACT
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACT
EST: gi|37994303|gb|CF806049.1|CF806049
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|58022241|gb|CX708982.1|CX708982
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|208207288|gb|GE002141.1|GE002141
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|18041270|gb|BM309564.1|BM309564
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298196895|gb|HO041638.1|HO041638
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCGCCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|254345389|gb|GR851658.1|GR851658
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298180584|gb|HO025671.1|HO025671
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|151407312|gb|EV277127.1|EV277127
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCAAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|151394797|gb|EV264668.1|EV264668
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|207835901|gb|GD806010.1|GD806010
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|23729847|gb|BU763028.1|BU763028
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCGAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298164321|gb|HO013966.1|HO013966
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGG-CACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACGCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298171491|gb|HO016523.1|HO016523
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298175557|gb|HO018268.1|HO018268
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TACGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|151405939|gb|EV275754.1|EV275754
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298183150|gb|HO028413.1|HO028413
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|33390649|gb|CA853844.1|CA853844
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|7042587|gb|AW472481.1|AW472481
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|254345390|gb|GR851659.1|GR851659
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|151397944|gb|EV267817.1|EV267817
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298194651|gb|HO043123.1|HO043123
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTCCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298179317|gb|HO027788.1|HO027788
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|21675238|gb|BQ627589.1|BQ627589
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|9440517|gb|BE441020.1|BE441020
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|33387970|gb|CA851177.1|CA851177
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298182798|gb|HO031533.1|HO031533
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
EST: gi|298196040|gb|HO044431.1|HO044431
EST:     ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAG                         TATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA
genomic: ACTAAGTATGAGCGTGCTAGAATTTTGGGCACCCGTGCTCTTCAAATCAGgtttgttcag ... ggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gagcttcagattctgcttattgattatctaacatgttgtctttctggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGAG
                         atctaac  putative branch site (score: 2)
                                      tctttctg  putative PPT
                ttattgattatctaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgttcaggacttgtgagcttcagattctgcttattgattatctaacatgttgtctttctggctggtcagTATGAATGCACCTGTCATGGTCGAGTTGGAGGGGGAAACTGACCCACTCGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG