Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtcataataattccatcctaaatatgtatgagtaaccacataatatatccttttaatttgtctactttttctaatgacagGTTAGAAGCTGCAATGCAGAGGTTGACCAATTTGTGCTCAGTTTTAAATGATATGGAGCCTATATGTGTTTTAAACCATGTCTTTGTACTGAGAGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G02370.1
intron # 20
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G02370.2 (Glycine max), 3'ss of exon 20
lower sequence: Vv01s0011g01630.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 19
gtatgtcat---aataattccatcctaaatatgtatgagtaaccacataata--------tatccttttaatttgtctacttt---ttc---taatgacagGTTAGAAGCTGCAATGCAGAGGTTGACCAATTTGTGCTCAGTTTTAAATGATATGGAGCCTATATGTGTTTTAAACCATGTCTTTGTACTGAGAGAG
||| ||||    || ||| | |   |   | |   | || |||  || |||         |  |  |  | ||  | ||||||   |||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| |||
gtaagtcacttcaacaatgctaaattttttgtccttaagaaacttcagaatggacaagattgccactggagttgttttactttgcattccgttaatggcagGTTAGAAGCTGCAATGCAGAGGTTGACAAATTTGTGTTCAGTCTTGAATGATATGGAGCCTATATGTGTTCTGAACCATGTCTTTGTTCTGAGGGAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtatgagtaaccacataatatatccttttaatttgtctactttttctaatgacagGTTAGAAGCTGCAATGCAGAGGTTGACCAATTTGTGCTCAGTTTTAAATGATATGGAGCCTATATGTGTTTTAAACCATGTCTTTGTACTGAGAGAG
                                           ttctaat  putative branch site (score: 2)
                               tttgtctactttttct  CT-rich tract
            acataatatatccttt  TA-rich tract