Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcagattcctgttgtatttgtctttctttctttttgtgtttattttcccacatttaagttcattatttatgtaccaaatacagGAACTGGATAGACAAGTTCCACTGATGGATGAGATCGATACTAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G36410.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G36410.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT3G09740.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
gtcagattcctgttgtatttgtctttctttctttttgtgtttattttcccacatttaagttcattatttatgtaccaaatacagGAACTGGATAGACAAGTTCCACTGATGGATGAGATCGATACTAAG
|| || ||  |   |||    | ||       ||   |  ||   | |      | | | | ||   |       |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||
gtgagtttgtttaagtaaagttgttaacacacttcccttattcggtacttgagctgatgatgatccatgtcacgactcttacagGAACTGGATAGACAAGTTCCACTGATGGATGAAATCGACACAAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254329339|gb|GR833711.1|GR833711
EST:     TTGCAGAAGGATTGGATACTTTGAAAAACATGGCACATGATATGAATGAG                         GAACTGGATAGACAAGTTCCACTGATGGATGAGATCGATACTAAG
genomic: TTGCAGAAGGATTGGATACTTTGAAAAACATGGCACATGATATGAATGAGgtcagattcc ... ccaaatacagGAACTGGATAGACAAGTTCCACTGATGGATGAGATCGATACTAAG
EST: gi|51342617|gb|CO983585.1|CO983585
EST:     TTGCAGAAGGATTGGATACTTTGAAAAACATGGCACATGATATGAATGAG                         GAACTGGATAGACAAGTTCCACTGATGGATGAGATCGATACTAAG
genomic: TTGCAGAAGGATTGGATACTTTGAAAAACATGGCACATGATATGAATGAGgtcagattcc ... ccaaatacagGAACTGGATAGACAAGTTCCACTGATGGATGAGATCGATACTAAG
EST: gi|254347019|gb|GR856689.1|GR856689
EST:     TTGCAGAAGGATTGGATACTTTGAAAAACATGGCACATGATATGAATGAG                         GAACTGGATAGACAAGTTCCACTGATGGATGAGATCGATACTAAG
genomic: TTGCAGAAGGATTGGATACTTTGAAAAACATGGCACATGATATGAATGAGgtcagattcc ... ccaaatacagGAACTGGATAGACAAGTTCCACTGATGGATGAGATCGATACTAAG
EST: gi|254344182|gb|GR855267.1|GR855267
EST:     TTGCAGAAGGATTGGATACTTTGAAAAACATGGCACATGATATGAATGAG                         GAACTGGATAGACAAGTTCCACTGATGGATGAGATCGATACTAAG
genomic: TTGCAGAAGGATTGGATACTTTGAAAAACATGGCACATGATATGAATGAGgtcagattcc ... ccaaatacagGAACTGGATAGACAAGTTCCACTGATGGATGAGATCGATACTAAG
EST: gi|208262103|gb|GE058750.1|GE058750
EST:     GGATTGGATACTTTGAAAAACATGGCACATGATATGAATGAG                         GAACTGGATAGACAAGTTCCACTGATGGACGAGATTGATACTAAG
genomic: GGATTGGATACTTTGAAAAACATGGCACATGATATGAATGAGgtcagattcc ... ccaaatacagGAACTGGATAGACAAGTTCCACTGATGGATGAGATCGATACTAAG
EST: gi|254329340|gb|GR833712.1|GR833712
EST:     TTTGAAAAAACATGGCACATGATATGAATGAG                         GAACTGGATAGACAAGTTCCACTGATGGATGAGATCGATACTAAG
genomic: TTTG-AAAAACATGGCACATGATATGAATGAGgtcagattcc ... ccaaatacagGAACTGGATAGACAAGTTCCACTGATGGATGAGATCGATACTAAG
EST: gi|21601172|gb|BQ611503.1|BQ611503
EST:     TTGCAGAAGGATTGGATACTTTGAAAAACATGGCACATGATATGAATGAG                         GAACTGGATAGACAAG
genomic: TTGCAGAAGGATTGGATACTTTGAAAAACATGGCACATGATATGAATGAGgtcagattcc ... ccaaatacagGAACTGGATAGACAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctttttgtgtttattttcccacatttaagttcattatttatgtaccaaatacagGAACTGGATAGACAAGTTCCACTGATGGATGAGATCGATACTAAG
                       atttaagttcattatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtcagattcctgttgtatttgtctttctttctttttgtgtttattttcccacatttaagttcattatttatgtaccaaatacagGAACTGGATAGACAAGTTCCACTGATGGATGAGATCGATACTAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC