Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtttgctgctcataaatgttagtatcaatacatacacattccattctctttgcctttatatctaaaaaatctgacttaaaatgcagATACAAGTTCTTTTGGTCTTGAAACAAGTCACTTCCTTGTTGGAAGTGGTGCTACTGCTAGCAATGCTTCTGTAGATGTTGGGGGCTTCCATCATGAATT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G36400.2
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|21887056|gb|BQ740269.1|BQ740269
EST:     TTGGAGCCAAATGAACATGTCTCCAGCTAATGGAAGGGTGTTATTATCAG                         ATACAAGTTCTTTTGGTCTTGAAACAAGTCACTTCCTTGTTGGAAGTGGTG
genomic: TTGGAGCCAAATGAACATGTCTCCAGCTAATGGAAGGGTGTTATTATCAGgttagtttgc ... taaaatgcagATACAAGTTCTTTTGGTCTTGAAACAAGTCACTTCCTTGTTGGAAGTGGTG
EST: gi|19934593|gb|BQ079623.1|BQ079623
EST:     TTGGAGCCAAATGAACATGTCTCCAGCTAATGGAAGGGTGTTATTATCAG                         ATACAAGTTCTTTTGGTCTTGAAACAAGTCACTTCCTTGTTGGAAGTGGTG
genomic: TTGGAGCCAAATGAACATGTCTCCAGCTAATGGAAGGGTGTTATTATCAGgttagtttgc ... taaaatgcagATACAAGTTCTTTTGGTCTTGAAACAAGTCACTTCCTTGTTGGAAGTGGTG
EST: gi|7028117|gb|AW457900.1|AW457900
EST:     TTGGAGCCAAATGAACATGTCTCCAGCTAATGGAAGGGTGTTATTATCAG                         ATACAAGTTCTTTTGGTCTTGAAACAAGTCACTTCCTTGTTGGAAGTGGTG
genomic: TTGGAGCCAAATGAACATGTCTCCAGCTAATGGAAGGGTGTTATTATCAGgttagtttgc ... taaaatgcagATACAAGTTCTTTTGGTCTTGAAACAAGTCACTTCCTTGTTGGAAGTGGTG
EST: gi|254337202|gb|GR849262.1|GR849262
EST:     TTGGAGCCAAATGAACATGTCTCCAGCTAATGGAAGGGTGTTATTATCAG                         ATACAAGTTCTTTTGGTCTTGAAACAAGTCACTTCCTTGTTGGAAGTGGTG
genomic: TTGGAGCCAAATGAACATGTCTCCAGCTAATGGAAGGGTGTTATTATCAGgttagtttgc ... taaaatgcagATACAAGTTCTTTTGGTCTTGAAACAAGTCACTTCCTTGTTGGAAGTGGTG
EST: gi|254338521|gb|GR849939.1|GR849939
EST:     TTGGAGCCAAATGAACATGTCTCCAGCTAATGGAAGGGTGTTATTATCAG                         ATACAAGTTCTTTTGGTCTTGAAACAAGTCACTTCCTTGTTGGAAGTGGTG
genomic: TTGGAGCCAAATGAACATGTCTCCAGCTAATGGAAGGGTGTTATTATCAGgttagtttgc ... taaaatgcagATACAAGTTCTTTTGGTCTTGAAACAAGTCACTTCCTTGTTGGAAGTGGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atacacattccattctctttgcctttatatctaaaaaatctgacttaaaatgcagATACAAGTTCTTTTGGTCTTGAAACAAGTCACTTCCTTGTTGGAAGTGGTGCTACTGCTAGCAATGCTTCTGTAGATGTTGGGGGCTTCCATCATGAATT
                                     atctgac  putative branch site (score: 3)
                       tttatatctaaaaaat  TA-rich tract