Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttgaaatcaagagccttgaaaatgttccgtttgaattaactctattatctatccacctgcaagaaattatgtaagatgaatgataatacccatgagtccatgactatagtttttttctcatatgatgagttgttaatgcttgtgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCTGATGTGTTCAAGCATGATATAACTGAAGGAAGACCTAAACTTGCAACAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G36080.2
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19270375|gb|BM886631.1|BM886631
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTAT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTAT
EST: gi|208317705|gb|GE112370.1|GE112370
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|213590581|gb|DB973326.1|DB973326
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|13252020|gb|BG362914.1|BG362914
EST:     CTCTTGGTAAATTTGCTGATGGGCCATCCTTTCTTGGTCAAATCACCTGG                         GTGGAAATTGC
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGC
EST: gi|7234135|gb|AW569475.1|AW569475
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATATGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|213600537|gb|DB960085.1|DB960085
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|209727125|gb|BW663267.1|BW663267
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGT
EST: gi|9204038|gb|BE330262.1|BE330262
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAA-GAATCCCGCTCGTCTTTTGC
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTT-GC
EST: gi|19452928|gb|BM954338.1|BM954338
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|298180090|gb|HO025305.1|HO025305
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTA
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccatgactatagtttttttctcatatgatgagttgttaatgcttgtgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCTGATGTGTTCAAGCATGATATAACTGAAGGAAGACCTAAACTTGCAACAT
                                 tgttaat  putative branch site (score: 3)
     actatagttttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagttgaaatcaagagccttgaaaatgttccgtttgaattaactctattatctatccacctgcaagaaattatgtaagatgaatgataatacccatgagtccatgactatagtttttttctcatatgatgagttgttaatgcttgtgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCTGATGTGTTCAAGCATGATATAACTGAAGGAAGACCTAAACTTGCAACAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA