Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGAGGCAATATGTGGAGGCACATATGGCTGCAAATAATGATGATGCTACAAAACAGATTTTTAGTCGGTGCTTGTTGAATTGTCTTCAGATTCCTCTATGgtatattgtttgcattatcttgtttatggcattggctggtgtattgttagttgttacttatttttatatactgtctcttttgaatgtgttgtttcaaatg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G14930.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G14930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT1G17760.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
GGAGGCAATATGTGGAGGCACATATGGCTGCAAATAATGATGATGCTACAAAACAGATTTTTAGTCGGTGCTTGTTGAATTGTCTTCAGATTCCTCTATGgtatattgtttgcattatcttgtttatggcattggctggtgtattgttagttgttacttatttttatatactgtctcttttgaatgtgttgtttcaaatg-------------------------------------------
||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||  || |||||  ||||||| ||||| ||    ||  ||| | | | |  | | |||    | ||    |||     |  |  | |   | |   || ||||    |  ||   |  ||| |                                            
GGAAGCAATATGTGGAGGCACAGATGGCTGTAAACAATGATGATGCTACCAAACAGATATTTAGTCGTTGTTTGTTGACCTGCCTTCAAGTTCCTCTTTGgta-atgccatg--ttaccctttattagtcgttgataagagtcaatttaacatcttttcgtctcattgttgggtttcttgctcagctgcaatg-caagtcttgccatctccttggatataattctaacatcttattctctcag

upper sequence: GLYMA19G14930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv11s0065g00710.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GGAGGCAATATGTGGAGGCACATATGGCTGCAAATAATGATGATGCTACAAAACAGATTTTTAGTCGGTGCTTGTTGAATTGTCTTCAGATTCCTCTATGgtatattgtttgcattatcttgtttatggcattggctggtgtattgttagttgttacttatttt-tatatactgtctcttttgaatgtgttg--tttcaaatg
||||||||||| ||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||  |||| |||||||| |||||| || ||    ||   ||  ||  |  ||    | | ||  ||    |  | |||| || | ||||| |||| |  || |||||   |   |||   || 
GGAGGCAATATTTGGAGGCCCAAATGGCTGTAAATAATGATGAAGCTACAAAACAAATATTTAGCCGGTGTTTGTTGAATTGCTTTCAAATTCCTCTTTGgtatgtttttgcttttgctttaatt--gatatacctttgagtgatgaacctcatcactttttgtatatatcctgtatacttggaatgcactcgctttttgat-