Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gccctttttaactccaactgaggccggcatagacttgatctcctatgtttgtgctgtgcatctccttttgactttctttatgtttgtcatcctatgcaggCTGATGGCTTTGCTAAGAAGCTTGGATATGCATCTGGACTACGCGGTGGTCTTGTGAAACTACAGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G47190.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7691739|gb|AW759861.1|AW759861
EST:     ATTGGTCAGCTTTGGTCTGAACCTTGTCAGCCGATCATTTGAATTTCAGG                         CTGATGGCTTTGCTAAGAAGCTTGGATATGCATCTGGACTACGCGGTGGTC
genomic: ATTGGTCAGCTTTGGTCTGAACCTTGTCAGCCGATCATTTGAATTTCAGGttactttcct ... cctatgcaggCTGATGGCTTTGCTAAGAAGCTTGGATATGCATCTGGACTACGCGGTGGTC
EST: gi|13788835|gb|BG651426.1|BG651426
EST:     ATTGGTCAGCTTTGGTCTGAACCTTGTCAGCCGATCATTTGAATTTCAGG                         CTGATGGCTTTGCTAAGAAGCTTGGATATGCATCTGGACTACGCGGNGGTC
genomic: ATTGGTCAGCTTTGGTCTGAACCTTGTCAGCCGATCATTTGAATTTCAGGttactttcct ... cctatgcaggCTGATGGCTTTGCTAAGAAGCTTGGATATGCATCTGGACTACGCGGTGGTC
EST: gi|192305931|gb|FG993591.1|FG993591
EST:     ATTGGTCAGCTTTGGTCTGAACCTTGTCAGCCGATCATTTGAATTTCAGG                         CTGATGGCTTTGCTAAGAAGCTTGGATATGCATCTGGACTACGCGGTGGTC
genomic: ATTGGTCAGCTTTGGTCTGAACCTTGTCAGCCGATCATTTGAATTTCAGGttactttcct ... cctatgcaggCTGATGGCTTTGCTAAGAAGCTTGGATATGCATCTGGACTACGCGGTGGTC
EST: gi|26058879|gb|CA801793.1|CA801793
EST:     ATTGGTCAGCTTTGGTCTGAACCTTGTCAGCCGATCATTTGAATTTCAGG                         CTGATGGCTTTGCTAAGAAGCTTGGATATGCATCTGGACTACGCGGTGGTC
genomic: ATTGGTCAGCTTTGGTCTGAACCTTGTCAGCCGATCATTTGAATTTCAGGttactttcct ... cctatgcaggCTGATGGCTTTGCTAAGAAGCTTGGATATGCATCTGGACTACGCGGTGGTC
EST: gi|105634970|gb|DW247718.1|DW247718
EST:     ATTGGTCAGCTTTGGTCTGAACCTTGTCAGCCGATCATTTGAATTTCAGG                         CTGATGGCTTTGCTAAGAAGCTTGGGTATGCATCTGGACTACGCGGTGGTC
genomic: ATTGGTCAGCTTTGGTCTGAACCTTGTCAGCCGATCATTTGAATTTCAGGttactttcct ... cctatgcaggCTGATGGCTTTGCTAAGAAGCTTGGATATGCATCTGGACTACGCGGTGGTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtttgtgctgtgcatctccttttgactttctttatgtttgtcatcctatgcaggCTGATGGCTTTGCTAAGAAGCTTGGATATGCATCTGGACTACGCGGTGGTCTTGTGAAACTACAGG
                    ttttgac  putative branch site (score: 3)
                                         tcatcct  putative PPT
                           tttctttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gccctttttaactccaactgaggccggcatagacttgatctcctatgtttgtgctgtgcatctccttttgactttctttatgtttgtcatcctatgcaggCTGATGGCTTTGCTAAGAAGCTTGGATATGCATCTGGACTACGCGGTGGTCTTGTGAAACTACAGG

- - - - - -ctccaac
- - - - - - - - - - -ggccggc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tttgtgc