1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...cttgaatgtctcccagctgggtctggtggcttgcattgtacatagctttttttatcctgtttagtgtttggtactaataaaagaaattattgtgcctcagGTGTTGAGGTTCCAGAATCGGTAATAAAGTTCAGTTTGACGAGAGGTGCTGCAGCTCATAGACGGGGGAGGAATAAGGGAGCTCTTGCAATTGATCCAGT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G47180.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTATAGCATATGGATCTCTTCTTCTTAAAG GTGTTGAGGTTCCAGAATCGGTAATAAAGTTCAGTTTGACGAGAGGTGCTG
genomic: GCTATAGCATATGGATCTCTTCTTCTTAAAGgtaagctttt ... tgtgcctcagGTGTTGAGGTTCCAGAATCGGTAATAAAGTTCAGTTTGACGAGAGGTGCTG
ctttttttatcctgtttagtgtttggtactaataaaagaaattattgtgcctcagGTGTTGAGGTTCCAGAATCGGTAATAAAGTTCAGTTTGACGAGAGGTGCTGCAGCTCATAGACGGGGGAGGAATAAGGGAGCTCTTGCAATTGATCCAGT
tactaat putative branch site (score: 1)
tactaataaaagaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cttgaatgtctcccagctgggtctggtggcttgcattgtacatagctttttttatcctgtttagtgtttggtactaataaaagaaattattgtgcctcagGTGTTGAGGTTCCAGAATCGGTAATAAAGTTCAGTTTGACGAGAGGTGCTGCAGCTCATAGACGGGGGAGGAATAAGGGAGCTCTTGCAATTGATCCAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - tctccca
- - - - - - - - - - -tctggtg
- - - - - - - - - - - - - - gcttgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aataaaa